206 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_R0069 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_R0069  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000556793  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0788  tRNA-His  97.37 
 
 		 78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.611877  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0683  tRNA-His  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.684611  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0041  tRNA-His  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.137953 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0043  tRNA-His  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.130453 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0144  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00158556  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0048  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000560154  hitchhiker  0.0000786314 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2558  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000105992  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2560  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615036  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0034  tRNA-His  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0064  tRNA-His  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0431987 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0056  tRNA-His  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.441531  hitchhiker  0.000421816 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t026  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t099  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt23  tRNA-His  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt23  tRNA-His  94.44 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0054  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0118  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.295265  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R52  tRNA-His  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R54  tRNA-His  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0066  tRNA-His  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.308433  normal  0.0175019 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0040  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000863654  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0132  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0020  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000738141  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0085  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000240103  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t002  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0143  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0386713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0050  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0021  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000629735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0115  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000444508  normal  0.0132879 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0115  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000103194  normal  0.0493795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0136  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000000985784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0019  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.301906  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0085  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000420943  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t095  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000636762  normal  0.0906455 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0058  tRNA-His  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.606593  hitchhiker  0.000424792 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0021  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00392038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0112  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000282154  normal  0.565936 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0028  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000239191  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0048  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000353919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0125  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000000634368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0088  tRNA-His  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000578887  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0029  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000338332  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0124  tRNA-His  98.33 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0169657  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-His-1  tRNA-His  94.37 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0008  tRNA-His  94.29 
 
 		 76 bp  107  4e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.958243  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t51  tRNA-His  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.297022  normal  0.0342999 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t53  tRNA-His  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.266756  normal  0.0215353 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0026  tRNA-His  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00252757  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0015  tRNA-His  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0142  tRNA-His  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000788034  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0101  tRNA-His  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000839897  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0015  tRNA-His  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000558308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0087  tRNA-His  96.67 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000283468  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0019  tRNA-His  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.322851  normal  0.248393 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0016  tRNA-His  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0046  tRNA-His  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0024  tRNA-His  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0036  tRNA-His  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0370477  normal  0.249392 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0035  tRNA-His  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0762203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0020  tRNA-His  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.303055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tHis01  tRNA-His  96.55 
 
 		 79 bp  99.6  9e-20  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000397081  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0045  tRNA-His  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0024  tRNA-His  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.961461  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t44  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0633005  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA32  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.922886  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0018  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.898186  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0002  tRNA-His  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.168661  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-His-3  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1995  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.180123  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2767  tRNA-His  91.43 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.2257  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2495  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.374126  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0009  tRNA-His  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000412211  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0009  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000404994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0526  tRNA-His  94.83 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000639476  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0047  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0090  tRNA-His  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000216717  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0039  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.0000000465225  normal  0.429599 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0043  tRNA-His  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0173086  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0095  tRNA-His  98 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0119  tRNA-His  98 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0557096  normal  0.380201 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4200  tRNA-His  94.83 
 
 		 78 bp  91.7  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.1543e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0031  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.110358 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1715  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.161636  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0088  tRNA-His  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0048  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.287066 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0372  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0381541  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1828  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1842  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0661069  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0789  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.530119  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0004  tRNA-His  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000344826  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0096  tRNA-His  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.0000270279  normal  0.142126 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3788  tRNA-His  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.99066  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4649  tRNA-His  97.96 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.241852  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0040  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.239728  normal  0.262855 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0009  tRNA-His  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000796355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0010  tRNA-His  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0197476  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3503  tRNA-His  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3505  tRNA-His  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0045  tRNA-His  93.33 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000886239  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>