231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_R0006 on replicon NC_012850
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011369  Rleg2_R0006  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0006  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104917  hitchhiker  0.000204838 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4558  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0006  tRNA-His  97.4 
 
 		 77 bp  137  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.828778  normal  0.262269 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0294  tRNA-His  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0038  tRNA-His  92.86 
 
 		 74 bp  79.8  0.00000000000008  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00502124 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  94 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1548  tRNA-His  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0047  tRNA-His  87.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA33  tRNA-His  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0022    86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.293323 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0019  tRNA-His  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.572409  normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0058  tRNA-His  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.647177  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0025  tRNA-His  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0044  tRNA-His  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.796168  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0021  tRNA-His  86.49 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0044  tRNA-His  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  86.89 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13674  tRNA-His  87.5 
 
 		 70 bp  56  0.000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0057  tRNA-His  93.02 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0037  tRNA-His  100 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.740745  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0048  tRNA-His  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0057  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6033  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.908357  normal  0.208238 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6034  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.93695  normal  0.213156 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4317  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.771522  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0024  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.16238  normal  0.146068 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0025  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.103227  normal  0.238575 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0010  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0014  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.791335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0015  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0016  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.816839  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0026  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.522695  normal  0.33035 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0018  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0034  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0035  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0010  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000315774  hitchhiker  0.000925503 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t09  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.630661  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t48  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Asp-1  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.241966  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t03  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t09  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0116209  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t15  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.160114  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t42  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.158841  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t63  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.07883  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA51  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000929539  normal  0.303665 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA82  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000191187  normal  0.0192687 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0019  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0753679  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0014    100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4845  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0555625  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0011  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00277001  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R13  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000158888  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R2  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00567165  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R42  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000533032  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0004  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000076362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0037  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000489104  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0044  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0477159  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0052  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000626175  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0056  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0054  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0666927 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0019  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.848767  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA9  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0064  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.17499  normal  0.116646 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0011  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0219307 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0069  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0002  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.000811561  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0012  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000226616  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0081  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00202745  normal  0.185006 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0009  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0460221  hitchhiker  0.00205125 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0012  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00686442  normal  0.0133226 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0021  tRNA-His  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.730448  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08580  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000150356 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_55635  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.269622 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62080  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0500428 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70900  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.335626 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0057  tRNA-Met  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0200182  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0032  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000276963  normal  0.450139 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0092  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000368423  hitchhiker  0.00436649 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0063  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000331537  normal  0.777832 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0047  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.026073  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0052  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.0029428  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0002  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.961834  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0014  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0031  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0812  tRNA-Ile  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460941  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0096  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0060738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0259  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>