More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_R0041 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-His-1  tRNA-His  95.08 
 
 		 74 bp  97.6  4e-19  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0038  tRNA-His  90.54 
 
 		 74 bp  91.7  2e-17  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00502124 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0031  tRNA-His  94.74 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.679826  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0037  tRNA-His  92.19 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.740745  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  93.1 
 
 		 77 bp  83.8  0.000000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  90.91 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0022  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.243573 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  87.84 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  90.32 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0048  tRNA-His  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0021  tRNA-His  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.730448  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  86.84 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0052  tRNA-His  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0296253  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0048  tRNA-His  90.62 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000560154  hitchhiker  0.0000786314 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0144  tRNA-His  90.62 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00158556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000203604  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0004  tRNA-His  90.91 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0477942  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0623  tRNA-His  90.48 
 
 		 78 bp  69.9  0.00000000008  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0104886  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  88.89 
 
 		 77 bp  69.9  0.00000000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000933276  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  88.71 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0008  tRNA-His  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00267875  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  88.71 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0047  tRNA-His  89.66 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0021  tRNA-His  90.74 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0582206  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  88.71 
 
 		 77 bp  67.9  0.0000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  88.52 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0034  tRNA-His  90.57 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  93.18 
 
 		 74 bp  63.9  0.000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t026  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t099  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0040  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000863654  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1548  tRNA-His  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0132  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0020  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000738141  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0085  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000240103  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6018  tRNA-His  89.29 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0522895  normal  0.0385855 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0143  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0386713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0021  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000629735  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0115  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000444508  normal  0.0132879 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0115  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000103194  normal  0.0493795 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0136  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000000985784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0019  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.301906  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0085  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000420943  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0021  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00392038  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0112  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000282154  normal  0.565936 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  93.18 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t095  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000636762  normal  0.0906455 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t002  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0050  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0029  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000338332  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0124  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0169657  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0028  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000239191  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0118  tRNA-His  89.06 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.295265  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0005  tRNA-Asp  88.14 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0326201  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0095  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0119  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0557096  normal  0.380201 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0017  tRNA-His  85.92 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000374304  hitchhiker  0.000000156779 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4563  tRNA-Asp  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0016  tRNA-His  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0319079  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0069  tRNA-His  89.66 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000556793  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0047  tRNA-His  88.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0044  tRNA-His  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0014  tRNA-Asp  87.1 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>