60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0052 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0052  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0296253  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0034  tRNA-His  94.23 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0037  tRNA-His  91.23 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.740745  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  92.31 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0082  tRNA-His  97.5 
 
 		 77 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000305827  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  92 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0033  tRNA-His  95 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.184442  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  91.67 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0036  tRNA-His  93.02 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.0000713799  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0016  tRNA-His  94.87 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0319079  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4336  tRNA-His  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0004  tRNA-His  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.817868  normal  0.0325973 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0040  tRNA-His  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.651238 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0022  tRNA-His  88.68 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0431591 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0010  tRNA-His  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6018  tRNA-His  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0522895  normal  0.0385855 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0055  tRNA-His  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0047  tRNA-His  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.030582 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0057  tRNA-His  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.20058  hitchhiker  0.00682829 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0011  tRNA-His  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.248673 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0065  tRNA-His  88.46 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0017  tRNA-His  92.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000374304  hitchhiker  0.000000156779 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0037  tRNA-His  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00000665099  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-His-1  tRNA-His  88.46 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_R0085  tRNA-His  90.7 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.317086  normal  0.564028 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0031  tRNA-His  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.679826  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0023  tRNA-His  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00261193  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13674  tRNA-His  86.44 
 
 		 70 bp  54  0.000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0078  tRNA-His  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0044  tRNA-His  90.7 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.94267 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0049  tRNA-His  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000343908  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0014  tRNA-His  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0346111  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0015  tRNA-His  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.956741  normal  0.235739 
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Arg-1  tRNA-Arg  85.96 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.500837  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0038  tRNA-His  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0476  tRNA-His  88.46 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00000249939  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  86.54 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-His-1  tRNA-His  100 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000011209  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0029  tRNA-His  88.46 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.499357  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0041  tRNA-His  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0000000458383  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0038  tRNA-His  90 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00000137357  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0006  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000433123  normal  0.0757617 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14170  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.688335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0051  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000148873  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0031  tRNA-His  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00000176121  normal  0.0395456 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06590  tRNA-His  89.74 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.435394 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0010  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.239466  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1214  tRNA-Ile  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_892  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0454631  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0294  tRNA-His  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0033  tRNA-His  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ile-1  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.449511  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>