More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0014 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_4563  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0014  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.55678  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0015  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0014  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  153  7e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0795  tRNA-Asp  98.7 
 
 
79 bp  145  2e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.24739  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0045  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt02  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00626728  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0013  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0014  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0013  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.729224  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4562  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0033  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0034  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0194372  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0015  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.103897  normal  0.235833 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0046  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0021  tRNA-Asp  98.7 
 
 
77 bp  145  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t12  tRNA-Asp  98.65 
 
 
74 bp  139  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0503237  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0015  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0777  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0298  tRNA-Asp  97.4 
 
 
79 bp  137  4e-31  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00212865  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0060  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.285107  normal  0.0443211 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0039  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00299876 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0021  tRNA-Asp  97.4 
 
 
77 bp  137  4e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0030  tRNA-Asp  96.1 
 
 
77 bp  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0043  tRNA-Asp  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.956354  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0045  tRNA-Asp  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.804977  normal  0.403713 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0031  tRNA-Asp  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0034  tRNA-Asp  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0659672  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0031  tRNA-Asp  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0703177 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0049  tRNA-Asp  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0046  tRNA-Asp  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.165738 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA43  tRNA-Asp  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.353058 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0044  tRNA-Asp  100 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.405337 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0020  tRNA-Asp  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.539056  normal  0.0659603 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0035  tRNA-Asp  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.143388 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0037  tRNA-Asp  94.81 
 
 
77 bp  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0033  tRNA-Asp  98.41 
 
 
77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000000933276  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0031  tRNA-Asp  98.41 
 
 
77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000000203604  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4316  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.742737  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0027  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.76766  normal  0.328825 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0026  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.968227  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0048  tRNA-Asp  98.36 
 
 
77 bp  113  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0027  tRNA-Asp  93.51 
 
 
77 bp  113  6e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.961867  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0047  tRNA-Asp  93.33 
 
 
77 bp  109  9.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.188533  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6033  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.908357  normal  0.208238 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4317  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.771522  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6034  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.93695  normal  0.213156 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0014  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.791335  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0015  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0016  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.816839  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0026  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.522695  normal  0.33035 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0018  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0034  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0035  tRNA-Asp  92.21 
 
 
77 bp  105  1e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0036  tRNA-Asp  92 
 
 
77 bp  101  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.000000395682  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0046  tRNA-Asp  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.000290325  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0040  tRNA-Asp  92.96 
 
 
77 bp  101  2e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491584  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0045  tRNA-Asp  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.316389 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0015  tRNA-Asp  92 
 
 
77 bp  101  2e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0047  tRNA-Asp  95.24 
 
 
77 bp  101  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.31974 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2942  tRNA-Asp  96.55 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.265359  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2945  tRNA-Asp  96.55 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.393325  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2948  tRNA-Asp  96.55 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.282487  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2625  tRNA-Asp  96.55 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2628  tRNA-Asp  96.55 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2631  tRNA-Asp  96.55 
 
 
77 bp  99.6  9e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.830892  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0916  tRNA-Asp  95.08 
 
 
79 bp  97.6  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.125153  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  95.08 
 
 
74 bp  97.6  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0024  tRNA-Asp  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.16238  normal  0.146068 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0025  tRNA-Asp  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.103227  normal  0.238575 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0030  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000862295  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0037  tRNA-Asp  90.91 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0700091  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0020  tRNA-OTHER  100 
 
 
72 bp  97.6  4e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0021  tRNA-Asp  95.08 
 
 
77 bp  97.6  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.0000370726  hitchhiker  0.000000254524 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0043  tRNA-Asp  92.11 
 
 
78 bp  95.6  1e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0044  tRNA-Asp  93.65 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000264444  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0017  tRNA-Asp  93.65 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.214507  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0019  tRNA-Asp  93.65 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.206388  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0049  tRNA-Asp  91.55 
 
 
77 bp  93.7  6e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0045  tRNA-Ser  98 
 
 
74 bp  91.7  2e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0036    89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.132649  normal  0.79109 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0013  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.212749  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0056  tRNA-Asp  89.61 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0027  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  unclonable  0.00000000032409  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0028  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000000808447  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0050  tRNA-Asp  93.44 
 
 
77 bp  89.7  9e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0232692  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0046  tRNA-Asp  93.75 
 
 
78 bp  87.7  3e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000106741  normal  0.144267 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0051  tRNA-Asp  90.14 
 
 
77 bp  85.7  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000613833  normal  0.325471 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0848  tRNA-Asp  93.1 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.473747  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0006  tRNA-Asp  93.1 
 
 
77 bp  83.8  0.000000000000005  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000000433123  normal  0.0757617 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0060  tRNA-Asp  93.55 
 
 
78 bp  83.8  0.000000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.695834  hitchhiker  0.0000996244 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0022  tRNA-Asp  93.55 
 
 
78 bp  83.8  0.000000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t46  tRNA-Asp  91.8 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R26  tRNA-Asp  91.8 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000223241  normal  0.0215792 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R28  tRNA-Asp  91.8 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000771602  normal  0.0209843 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0040  tRNA-Asp  91.8 
 
 
77 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.291088  normal  0.300021 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>