35 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_R0048 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_R0048  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0021  tRNA-His  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.730448  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  89.61 
 
 		 77 bp  89.7  9e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0022  tRNA-His  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.243573 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-His-1  tRNA-His  86.49 
 
 		 74 bp  67.9  0.0000000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0044  tRNA-His  95.12 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0038  tRNA-His  90.2 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00502124 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0047  tRNA-His  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0006  tRNA-His  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.104917  hitchhiker  0.000204838 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4558  tRNA-His  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0006  tRNA-His  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0006  tRNA-His  90.48 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.828778  normal  0.262269 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13674  tRNA-His  91.67 
 
 		 70 bp  48.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0005  tRNA-Asp  86.54 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0326201  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0033  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0119  tRNA-His  84.51 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0557096  normal  0.380201 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0019  tRNA-Trp  86.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.77581 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0095  tRNA-His  84.51 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0049  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.175239  decreased coverage  0.00156348 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t29  tRNA-His  91.18 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.158046  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0022    88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.293323 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0008  tRNA-His  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00267875  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0031  tRNA-His  86 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.679826  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0019  tRNA-His  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.572409  normal  0.702119 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0058  tRNA-His  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.647177  normal  0.919787 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0025  tRNA-His  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0021  tRNA-His  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.126385  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1548  tRNA-His  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0044  tRNA-His  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.796168  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0294  tRNA-His  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0016  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0065  tRNA-His  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22158  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA33  tRNA-His  88.1 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>