299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0021 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_R0021  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  153  7e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.730448  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0048  tRNA-His  92.21 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.234171 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0023  tRNA-His  92.98 
 
 		 77 bp  81.8  0.00000000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.794961  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0039  tRNA-His  88.89 
 
 		 77 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0312373 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0022  tRNA-His  90.28 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.243573 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0027  tRNA-His  92.06 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000556999  normal  0.160274 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0033  tRNA-His  94 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0008  tRNA-His  94 
 
 		 77 bp  75.8  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00267875  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0042  tRNA-His  91.8 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.883646 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0041  tRNA-His  90.16 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0038  tRNA-His  90.16 
 
 		 74 bp  73.8  0.000000000005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00502124 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tHis01  tRNA-His  92.16 
 
 		 80 bp  69.9  0.00000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0021  tRNA-His  90.16 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.203803 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19680  tRNA-His  87.67 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.13556  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08830  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0406412  normal  0.0611739 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0015  tRNA-His  88.89 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0053  tRNA-His  88.14 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-His-1  tRNA-His  85.14 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0027  tRNA-His  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000752575  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0038  tRNA-His  87.93 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.322941  normal  0.556926 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0044  tRNA-His  92.86 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0021  tRNA-His  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000695669 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0030  tRNA-His  91.3 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.142316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0049  tRNA-Asp  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0024  tRNA-Asp  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.16238  normal  0.146068 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0025  tRNA-Asp  86.89 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.103227  normal  0.238575 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28660  tRNA-His  88.52 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0457487 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24880  tRNA-His  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.737137 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  86.89 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0022  tRNA-His  86.11 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0047  tRNA-His  90.91 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0006  tRNA-Asp  85.71 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.604068 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0078  tRNA-His  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0021  tRNA-His  88.24 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0582206  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0047  tRNA-His  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.030582 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0032  tRNA-His  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.30442  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0001  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Val-2  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1888  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.207939  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1133  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.646427  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4317  tRNA-Asp  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.771522  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0012  tRNA-Val  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000181787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0339  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0351781  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2596  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_BR0006  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0014  tRNA-Asp  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.791335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0015  tRNA-Asp  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0016  tRNA-Asp  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.816839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0001  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.400265  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0026  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000276019  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0004  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0580435  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0004  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.105423  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0039  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00187665  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0018  tRNA-Asp  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0034  tRNA-Asp  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.182102 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0035  tRNA-Asp  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.177187 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0024  tRNA-His  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1541  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.713195  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0203  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00945827  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0026  tRNA-Asp  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.522695  normal  0.33035 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1710  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.713691  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2904  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1734  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.528515  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2749  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0961  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0032972  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6034  tRNA-Asp  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.93695  normal  0.213156 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6033  tRNA-Asp  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.908357  normal  0.208238 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0052  tRNA-Val  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0047  tRNA-His  86.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.627276  normal  0.0396091 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  85.25 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0041  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0075941  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0004  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0212233  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0004  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.559063  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_R0076  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.083212  hitchhiker  0.00562166 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0041  tRNA-Val  96.55 
 
 		 77 bp  50.1  0.00008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.777781  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00028  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.813226  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t13674  tRNA-His  91.67 
 
 		 70 bp  48.1  0.0003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA41  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.179382 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA42  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.191671  normal  0.176048 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0052  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.126724  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0057  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0051  tRNA-Asp  96.43 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000613833  normal  0.325471 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0029  tRNA-Ile  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.856201  normal  0.110623 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0069  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000229538  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0070  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000820033  normal  0.0109054 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0045  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00278064 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1202  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0491839  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1531  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000929457  hitchhiker  0.00112826 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0053  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.452595  hitchhiker  0.000000169384 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0076  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00448767  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2149  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000169486  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4668  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000314949  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0011  tRNA-His  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5036  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000151572  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0045  tRNA-Val  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.431879  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0006  tRNA-His  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00645821 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2379  tRNA-Val  100 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000292558  hitchhiker  0.00911124 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>