162 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_24880 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_24880  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.737137 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0030  tRNA-His  97.33 
 
 		 76 bp  133  6e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.142316  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28660  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0457487 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0024  tRNA-His  93.33 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0047  tRNA-His  93.33 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.627276  normal  0.0396091 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0038  tRNA-His  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0021  tRNA-His  95.59 
 
 		 77 bp  103  6e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000695669 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0036  tRNA-His  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.435754 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0015  tRNA-His  91.18 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0016  tRNA-His  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.398986  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0021  tRNA-His  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.203803 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0042  tRNA-His  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.883646 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0042  tRNA-His  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0044  tRNA-His  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000143676 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0046  tRNA-His  94.12 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.216845  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0023  tRNA-His  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0023  tRNA-His  91.53 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00261193  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19680  tRNA-His  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.13556  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0022  tRNA-His  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08830  tRNA-His  88.24 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0406412  normal  0.0611739 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0069  tRNA-His  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0040  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.646222  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0043  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.925316 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0039  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.639716  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0014  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0050  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0002  tRNA-His  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.07426 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14029  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205987 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0032  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.30442  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0005  tRNA-His  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112235  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0021  tRNA-His  91.11 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.730448  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0063  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09670  tRNA-His  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.253938  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0020  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.889352  normal  0.733975 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0082  tRNA-His  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0019  tRNA-His  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0563192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0045  tRNA-His  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0037  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.28441  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0027  tRNA-His  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000556999  normal  0.160274 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0089  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.946417 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0013  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000368246  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0037  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00177627  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0008  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000000517432  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0083  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000917058  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0072  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000540506  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0063  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.808449  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0053  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0008  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000809396  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0878  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0453469  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0033  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0057  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000568305  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0061  tRNA-Pro  88.24 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000960142  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0010  tRNA-His  84.13 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0042  tRNA-His  82.67 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.187364  normal  0.613143 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0067  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0804329  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00004  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0073  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0109  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt43  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.022546 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5665  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000462002  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5725  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000708731  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 80 bp  44.1  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000160288  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0007424  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000658436  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 80 bp  44.1  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144248  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000391226  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0008  tRNA-His  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.400368  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792885  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000401442  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000342912  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0036  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00224003  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0173  tRNA-Pro  88 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.485215  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0033  tRNA-His  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.704433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0037  tRNA-His  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0609753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0033  tRNA-His  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.628248 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0024  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.43324  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0025  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0290094  normal  0.12012 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0099  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0102048 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0023  tRNA-His  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000859824  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0010  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.564067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0017  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000152694  normal  0.0119772 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0046  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000445856  hitchhiker  0.00000000718315 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0048  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.042005  normal  0.0861498 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0050  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.041206  normal  0.0538679 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0052  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.11215  normal  0.0559478 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0105  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000482088  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0136  tRNA-Pro  89.47 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00336688  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0011  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000197558  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0063  tRNA-Val  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000000000708072  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0086  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.104937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0126  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0559205  normal  0.0859752 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0023  tRNA-His  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000017569  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0220  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0442087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0230  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0179094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4324  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.647358  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0279  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.703656  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0290  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0426135  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4178  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0292  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.865934  normal  0.882483 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>