155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Jden_R0030 on replicon NC_013174
Organism: Jonesia denitrificans DSM 20603



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013174  Jden_R0030  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.142316  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24880  tRNA-His  97.33 
 
 		 76 bp  133  6e-30  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.737137 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28660  tRNA-His  94.67 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0457487 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0024  tRNA-His  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0047  tRNA-His  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.627276  normal  0.0396091 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0021  tRNA-His  93.51 
 
 		 77 bp  105  1e-21  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000695669 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0016  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.398986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0036  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.435754 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0038  tRNA-His  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0015  tRNA-His  91.18 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0021  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.203803 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0042  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.883646 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0002  tRNA-His  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.07426 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0023  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19680  tRNA-His  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.13556  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08830  tRNA-His  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0406412  normal  0.0611739 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0042  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0063  tRNA-His  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0039  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.639716  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0043  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.925316 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0014  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0040  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.646222  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0032  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.30442  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14029  tRNA-His  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205987 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0022  tRNA-His  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0023  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00261193  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0046  tRNA-His  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.216845  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0044  tRNA-His  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000143676 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0021  tRNA-His  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.730448  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0082  tRNA-His  85.51 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0042  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.187364  normal  0.613143 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0069  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0050  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0005  tRNA-His  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112235  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0027  tRNA-His  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000556999  normal  0.160274 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5733  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000104874  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5673  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000105967  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5640  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.108099  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5665  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000000462002  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5695  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00000661366  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5725  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000708731  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 80 bp  50.1  0.00007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000160288  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0007424  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000658436  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.353859  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000771561  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Pro-4  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 80 bp  50.1  0.00007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000117481  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 80 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144248  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000391226  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000195724  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-1  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000792885  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-2  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000000401442  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Pro-3  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000342912  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0219  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.0000281593  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5027  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000593186  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5043  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000000247128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4570  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000623661  normal  0.109465 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0025  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0258602  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0052  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000784073  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0101  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00179656  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0132  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000929612  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0786  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.39935e-31 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0278  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5812  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000461866  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0861  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101894  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0025  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0259954  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0052  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000206578  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0105  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000482088  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0136  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00336688  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0015  tRNA-Pro  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.523292  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09670  tRNA-His  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.253938  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4996  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0300  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000871515  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0102  tRNA-Pro  90.24 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160817  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0036  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0128871  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0033  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.704433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0037  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0609753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0033  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.628248 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0028  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.392784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0032  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0053  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0029  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000140728  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0878  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0453469  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60630  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.831176  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1222  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.335805  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1575  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1610  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.815519 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0029  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t0173  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.485215  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0033  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0057  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000568305  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0061  tRNA-Pro  89.74 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00000960142  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0010  tRNA-His  84.13 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0012  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000017213  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0026  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000013123  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0038  tRNA-His  91.18 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.322941  normal  0.556926 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0099  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0102048 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0023  tRNA-His  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000859824  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0017  tRNA-Asp  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.00000000152694  normal  0.0119772 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>