44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_R0063 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011883  Ddes_R0063  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0002  tRNA-His  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.07426 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0069  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0024  tRNA-His  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0008  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.400368  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28660  tRNA-His  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0457487 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0030  tRNA-His  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.142316  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0015  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0040  tRNA-His  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.646222  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0021  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.203803 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0039  tRNA-His  97.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.639716  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0014  tRNA-His  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0027  tRNA-His  88.71 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000752575  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0021  tRNA-His  91.3 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000695669 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19680  tRNA-His  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.13556  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0051  tRNA-His  88.52 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000083549  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0047  tRNA-His  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.627276  normal  0.0396091 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0042  tRNA-His  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.883646 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24880  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.737137 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0042  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0019  tRNA-His  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0563192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0020  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.889352  normal  0.733975 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0050  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0042  tRNA-His  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.187364  normal  0.613143 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0082  tRNA-His  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0036  tRNA-His  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.435754 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0038  tRNA-His  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0044  tRNA-His  86.54 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000143676 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_R0045  tRNA-His  93.75 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.000301555  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0024  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000441767  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0027  tRNA-His  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-His-1  tRNA-His  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00107575  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0046  tRNA-His  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.216845  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_831  tRNA-His  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000000011255  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0050  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.0000158922  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0027  tRNA-His  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0038  tRNA-His  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0009  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.630653 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  86.21 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0070  tRNA-His  86.96 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0203804  normal  0.914236 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0062  tRNA-Gly  93.33 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.669958  normal  0.100128 
 
 
-
 
NC_002950  PGt52  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.894326 
 
 
-
 
NC_002950  PGt13  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>