74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_R0008 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007519  Dde_R0008  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.400368  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0069  tRNA-His  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0002  tRNA-His  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.07426 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0005  tRNA-His  90.62 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112235  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0024  tRNA-His  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0021  tRNA-His  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.203803 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0063  tRNA-His  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0042  tRNA-His  90.28 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.883646 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28660  tRNA-His  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0457487 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0015  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0034  tRNA-Pro  85.29 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  unclonable  0.00000000221471  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0014  tRNA-His  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0047  tRNA-His  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.627276  normal  0.0396091 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0105  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000288138  hitchhiker  0.0000019759 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0821  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0929777  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60040  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.909692  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.79728  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08670  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000482106  hitchhiker  0.000524894 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3505  tRNA-His  93.75 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000237824  normal  0.0237533 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t07  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.222466  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0027  tRNA-His  85 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000556999  normal  0.160274 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3503  tRNA-His  93.75 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0019  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0144795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0084  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.0000286992  normal  0.992402 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19680  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.13556  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08830  tRNA-His  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0406412  normal  0.0611739 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60220  tRNA-His  93.75 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0040  tRNA-His  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.239728  normal  0.262855 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R87  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000233692  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA67  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.0000000105718  normal  0.63081 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0011  tRNA-His  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000750862  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t07  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.000225857  unclonable  0.000000193462 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41330  tRNA-His  93.75 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.908879  normal  0.386622 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0052  tRNA-Asp  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000174221  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0034  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0217545 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0036  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0117844 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0025  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0016  tRNA-His  83.1 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.398986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0042  tRNA-His  91.43 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.187364  normal  0.613143 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0030  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.121021  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tGly01  tRNA-Gly  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.682857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0053  tRNA-His  86.44 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.629076  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0048  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0052  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000639553  hitchhiker  0.00795761 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0008  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.142347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0030  tRNA-His  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.142316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA32  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.922886  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0038  tRNA-His  83.87 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0054  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0271354  normal  0.903317 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t44  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0633005  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24880  tRNA-His  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.737137 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0048  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0028  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  96.15 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  84.85 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0043  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0020  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0183484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0015  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000209319  hitchhiker  0.00483772 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0043  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.607028  normal  0.490621 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0010  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000114274  hitchhiker  0.00000872087 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0022  tRNA-Phe  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0044  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0485613 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0032  tRNA-His  83.87 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.30442  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0044  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.1121e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0043  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>