135 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Noca_R0024 on replicon NC_008699
Organism: Nocardioides sp. JS614



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008699  Noca_R0024  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28660  tRNA-His  98.67 
 
 		 76 bp  141  3e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0457487 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0021  tRNA-His  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.203803 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0047  tRNA-His  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.627276  normal  0.0396091 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0038  tRNA-His  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0042  tRNA-His  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.883646 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0030  tRNA-His  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.142316  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24880  tRNA-His  93.33 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.737137 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0016  tRNA-His  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.398986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0015  tRNA-His  92 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08830  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0406412  normal  0.0611739 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0014  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0002  tRNA-His  91.55 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.07426 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0023  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0043  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.925316 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0021  tRNA-His  94.92 
 
 		 77 bp  85.7  0.000000000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000695669 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0069  tRNA-His  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19680  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.13556  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0036  tRNA-His  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.435754 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0063  tRNA-His  92.98 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0042  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0008  tRNA-His  88.73 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.400368  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0044  tRNA-His  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000143676 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0039  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.639716  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0040  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.646222  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14029  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205987 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0042  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.187364  normal  0.613143 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0082  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0032  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.30442  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0027  tRNA-His  88.06 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000556999  normal  0.160274 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0022  tRNA-His  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0020  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.889352  normal  0.733975 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0050  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0046  tRNA-His  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.216845  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0019  tRNA-His  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0563192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0023  tRNA-His  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00261193  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0018  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.898186  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0022  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.243573 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09670  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.253938  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0032  tRNA-His  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0036  tRNA-His  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0128871  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0033  tRNA-His  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.704433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0037  tRNA-His  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0609753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0033  tRNA-His  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.628248 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0028  tRNA-His  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.392784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0029  tRNA-His  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.499357  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000863907  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0106217  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0027  tRNA-His  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000752575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0021  tRNA-His  86.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.730448  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0045  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4318  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0014  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0213488  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0034  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000978021  normal  0.113899 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0023  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00683735  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0034  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0822071  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0052  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00134949  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0062  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.128618  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0045  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0302111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0030  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.915184  normal  0.110132 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0036  tRNA-Pro  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000000203357  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0040  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0690466  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0067  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00925323  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0008  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0042  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.22955 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0060  tRNA-His  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0017  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0394632  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0046  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0034  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0046  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0010  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.162323  normal  0.0743617 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0080  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0009  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.292395  normal  0.689631 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0020  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.18478  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0030  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0035  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.304574  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0072  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.821542  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0013  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0016  tRNA-His  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0020  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0056  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0061  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0071  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0013  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0927028  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0044  tRNA-His  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.1121e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0021  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.584667  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0032  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0048  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00154367  hitchhiker  0.0000000000357409 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0030  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0510531  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0878  tRNA-Ala  93.55 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0453469  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309258  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.195414 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAlaVIMSS1309149  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0382478  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0015  tRNA-His  83.1 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000558308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0087  tRNA-His  83.1 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000283468  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0052  tRNA-Asp  100 
 
 		 78 bp  46.1  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000174221  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000388071  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000320815  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0010  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00600624  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>