222 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Franean1_R0042 on replicon NC_009921
Organism: Frankia sp. EAN1pec



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_R0042  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.883646 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0021  tRNA-His  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.203803 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28660  tRNA-His  94.67 
 
 		 76 bp  117  3.9999999999999997e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0457487 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0024  tRNA-His  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0032  tRNA-His  93.33 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.30442  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0047  tRNA-His  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.627276  normal  0.0396091 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0042  tRNA-His  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0043  tRNA-His  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.925316 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0023  tRNA-His  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14029  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205987 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0038  tRNA-His  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0022  tRNA-His  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0020  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.889352  normal  0.733975 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0045  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447472  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08830  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0406412  normal  0.0611739 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0030  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.142316  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24880  tRNA-His  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.737137 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0015  tRNA-His  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0019  tRNA-His  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0563192  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0016  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.398986  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0042  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.187364  normal  0.613143 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0027  tRNA-His  89.55 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000556999  normal  0.160274 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0623  tRNA-His  87.84 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0104886  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0021  tRNA-His  91.8 
 
 		 77 bp  73.8  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.730448  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0008  tRNA-His  90.28 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.400368  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0040  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.646222  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0050  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0039  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.639716  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0014  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0036  tRNA-His  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0128871  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0028  tRNA-His  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.392784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0087  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000283468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0033  tRNA-His  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.704433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0037  tRNA-His  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0609753  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0032  tRNA-His  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0033  tRNA-His  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.628248 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0015  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000558308  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt23  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt23  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19680  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.13556  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0021  tRNA-His  91.84 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000695669 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0016  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0060  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0683  tRNA-His  87.3 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.684611  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0009  tRNA-His  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000796355  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0788  tRNA-His  87.3 
 
 		 78 bp  61.9  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.611877  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0010  tRNA-His  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0197476  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0186  tRNA-His  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0045  tRNA-His  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000886239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0069  tRNA-His  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0095  tRNA-His  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0119  tRNA-His  85.92 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0557096  normal  0.380201 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0040  tRNA-His  85.14 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0063  tRNA-His  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0044  tRNA-His  94.59 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.1121e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0027  tRNA-His  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000752575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0044  tRNA-His  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000143676 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3788  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.99066  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4649  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.241852  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2519  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00159808  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2530  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137237  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2223  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000628537  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2234  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000174827  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tHis01  tRNA-His  87.5 
 
 		 79 bp  56  0.000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000397081  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0024  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000441767  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0019  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0628666  normal  0.210857 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0048  tRNA-His  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000560154  hitchhiker  0.0000786314 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0144  tRNA-His  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00158556  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0002  tRNA-His  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.07426 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0022  tRNA-His  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna019  tRNA-His  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000572511  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna021  tRNA-His  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000113486  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0036  tRNA-His  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.435754 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0043  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.607028  normal  0.490621 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0005  tRNA-His  85.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112235  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0040  tRNA-His  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.239728  normal  0.262855 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60220  tRNA-His  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0015  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000209319  hitchhiker  0.00483772 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3505  tRNA-His  91.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41330  tRNA-His  91.89 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.908879  normal  0.386622 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3503  tRNA-His  91.89 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0030  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.121021  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0064  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000325658  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t44  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0633005  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA32  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.922886  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0041  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.137953 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0040  tRNA-His  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R52  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R54  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  84.72 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6002  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0006  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2767  tRNA-His  82.89 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.2257  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_R0003  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000160282  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0090  tRNA-Trp  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0069  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000556793  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0020  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0183484  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0043  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.130453 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0047  tRNA-His  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>