298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_R0043 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_R0043  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.607028  normal  0.490621 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0023  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.881928  decreased coverage  0.000601016 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0013  tRNA-Gly  91.3 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0015  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0016  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0056  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.666652  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0046  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.100607 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0048  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.395068  normal  0.100997 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0063  tRNA-Gly  91.04 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.362704  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0035  tRNA-Gly  91.04 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000926277 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0034  tRNA-Gly  91.04 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.371143  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0037  tRNA-Gly  91.04 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.382457  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0032  tRNA-Gly  91.04 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000809268 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0037  tRNA-Gly  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0038  tRNA-Gly  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0059  tRNA-Gly  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0507601  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0061  tRNA-Gly  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0898081  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0001  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.598481  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0023  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0045  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.970525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0011  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.15715  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0013  tRNA-Gly  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.155997  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0035  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0037  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0049  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00162631  normal  0.347035 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0035  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.207428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0036  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.279853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0038  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.351853 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.051021  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0495451  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0037  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0038  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0068  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00512241  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0051  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000327476  normal  0.339785 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2881  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2882  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0037  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0039  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169853  normal  0.361721 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0036  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.19079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2827  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1741  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0350949  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1742  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0559851  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2826  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0217259  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0004  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.679327 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0056  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00797069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0057  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000972569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0039  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00658177  decreased coverage  0.00000286482 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0040  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00614875  decreased coverage  0.00000263085 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0010  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00274853 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0041  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297349  decreased coverage  0.00434413 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0061  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.677288 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2826  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0019  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0732423  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0020  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.112784  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0021  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.168076  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1777  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00314954  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0035  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0590805  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2767  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0513521  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0035  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000173498  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0036  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000574217  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0037  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000566615  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0033  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.100821  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0034  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205379  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0035  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0050  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00077941  normal  0.344918 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0036  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2766  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0786611  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2827  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0128974  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2454  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.880044  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00080  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000419569  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0044  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.35893e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0083  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.37865e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0085  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  5.68672e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4724  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.56815e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0022  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000631988  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.611211  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0051  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000228053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0013  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000958382  unclonable  0.00000189015 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t23  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t38  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.288871  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA45  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000360899  normal  0.702683 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA57  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.256598  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA59  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609929  normal  0.691703 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R65  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0043  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00341468  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0045  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0960605  normal  0.982559 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4280  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000230122  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t34  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.417453  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5109  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000169748  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4725  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 78 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.64891e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5039  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000010276  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5111  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000015095  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5110  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000138162  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0014  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000460398  unclonable  0.00000183303 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4279  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.4241200000000006e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4278  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  5.821950000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4238  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.1159899999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0029  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0432235  normal  0.609581 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0031  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0672665  normal  0.623556 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0045  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.57723  normal  0.0236363 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>