298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dgeo_R0010 on replicon NC_008025
Organism: Deinococcus geothermalis DSM 11300



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008025  Dgeo_R0010  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00274853 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0041  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297349  decreased coverage  0.00434413 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0061  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.677288 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0909  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 78 bp  103  6e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0006  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000670589  normal  0.608185 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0032  tRNA-Gly  96.67 
 
 		 73 bp  103  6e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000809268 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0042  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.443767  normal  0.830121 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0035  tRNA-Gly  96.67 
 
 		 73 bp  103  6e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000926277 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1013  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0034  tRNA-Gly  96.67 
 
 		 73 bp  103  6e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.371143  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0037  tRNA-Gly  96.67 
 
 		 73 bp  103  6e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.382457  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0007  tRNA-Gly  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000264887  normal  0.61678 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0035  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0037  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211481  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0016  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.867595  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.051021  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0495451  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0038  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.351853 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0037  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0038  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0068  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00512241  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1777  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00314954  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0021  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0839387  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2881  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2882  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0035  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.207428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0010  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.695097  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0043  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0285317  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0039  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169853  normal  0.361721 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0049  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00162631  normal  0.347035 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1741  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0350949  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1742  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0559851  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0048  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.950011  normal  0.193267 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0056  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00797069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0057  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000972569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0039  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00658177  decreased coverage  0.00000286482 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0040  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00614875  decreased coverage  0.00000263085 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0036  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.19079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0019  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0732423  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0020  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.112784  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0021  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.168076  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0037  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0035  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0590805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0036  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.279853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0050  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00077941  normal  0.344918 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_R0006  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0036  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0011  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.770603  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0035  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000173498  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0036  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000574217  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0037  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000566615  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0033  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.100821  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0034  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205379  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0035  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0051  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000327476  normal  0.339785 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0012  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.46554  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0028  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0030  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000189578  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2827  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2826  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2454  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.880044  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2767  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0513521  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2826  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0217259  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2827  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0128974  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2766  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0786611  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0020  tRNA-Gly  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00286535 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0043  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00341468  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0044  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.013329  normal  0.99192 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0045  tRNA-Gly  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0960605  normal  0.982559 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00080  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000419569  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00081  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000257411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0044  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.35893e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0083  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.37865e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0085  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  5.68672e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5111  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000015095  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0022  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000631988  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.611211  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4280  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000230122  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0013  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000958382  unclonable  0.00000189015 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2616  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.256373  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t38  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.288871  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0031  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0672665  normal  0.623556 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA45  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000360899  normal  0.702683 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA57  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.256598  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA59  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609929  normal  0.691703 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t34  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.417453  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0014  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000460398  unclonable  0.00000183303 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0048  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0352694  hitchhiker  0.000658137 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0045  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.57723  normal  0.0236363 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0029  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0432235  normal  0.609581 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0051  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000228053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0012  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000103528  unclonable  0.00000189015 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4671  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  7.05705e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5039  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000010276  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4725  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 78 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.64891e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5109  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000169748  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2337  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0125428  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4278  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  5.821950000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4279  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.4241200000000006e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4238  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.1159899999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>