298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_R0006 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_R0006  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.950011  normal  0.193267 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0025  tRNA-Gly  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0005  tRNA-Gly  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.0281079  normal  0.0361726 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0010  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00274853 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0041  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.297349  decreased coverage  0.00434413 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0061  tRNA-Gly  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.677288 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0012  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0012  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000030086  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0016  tRNA-Gly  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.867595  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0059  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000102319 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07693  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0054  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0271354  normal  0.903317 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0018  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.045305  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0850  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.031083  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0042  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00034055 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0040  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000755503 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0008  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.142347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0056  tRNA-Gly  89.55 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0023  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.506131  normal  0.313927 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0041  tRNA-Gly  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.126738  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0019  tRNA-Gly  88.41 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000618512  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0036  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2766  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0786611  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2826  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0217259  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2454  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.880044  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0018  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00221415  normal  0.014977 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0035  tRNA-Gly  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0050  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00077941  normal  0.344918 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2827  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2827  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0128974  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.051021  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0495451  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0037  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0038  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0068  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00512241  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0021  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0839387  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2881  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2882  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0035  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2826  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0049  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00162631  normal  0.347035 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1777  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00314954  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2767  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0513521  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0012  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.46554  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1741  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0350949  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1742  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0559851  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0056  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00797069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0057  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000972569  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0039  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00658177  decreased coverage  0.00000286482 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0040  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00614875  decreased coverage  0.00000263085 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0019  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0732423  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0020  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.112784  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0021  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.168076  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0037  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0036  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.279853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0035  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.207428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0035  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0590805  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0037  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0036  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.19079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0038  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.351853 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0039  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169853  normal  0.361721 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0043  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0285317  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0044  tRNA-Gly  88.16 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108076  normal  0.0172925 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0024  tRNA-Gly  90 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.129235  normal  0.301569 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0034  tRNA-Gly  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0035  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000173498  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0036  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000574217  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0037  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000566615  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0033  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.100821  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0034  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205379  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0035  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0051  tRNA-Gly  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000327476  normal  0.339785 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0107  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0660443  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t011  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t012  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t033  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t041  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0047  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000233996  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0061  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000824299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0057  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.400926  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0108  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.038773  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0067  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000341896  normal  0.918683 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0020  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0916617  normal  0.186435 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0118  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0535313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0042  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000213337  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0055  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.319705  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0064  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0111  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0119746  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0112  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00598062  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0113  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0113631  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0022  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.20749  normal  0.181442 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0024  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221769 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0025  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000218717 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0026  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000228112 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0027  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000223395 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0079  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000539441  normal  0.0509646 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0091  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000165376  normal  0.0217051 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0021  tRNA-Gly  97.44 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0817849  normal  0.184759 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>