298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MCA_tRNA-Gly-3 on replicon NC_002977
Organism: Methylococcus capsulatus str. Bath



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011901  Tgr7_R0029  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.11864  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.611211  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0022  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t34  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.417453  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0024  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0037  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.133837  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0043  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  149  1.0000000000000001e-34  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000132411  normal  0.194852 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0041  tRNA-Gly  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0025  tRNA-Gly  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.620375 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0038  tRNA-Gly  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.148988  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tGly02  tRNA-Gly  98.68 
 
 
79 bp  143  7e-33  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0028  tRNA-Gly  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0030  tRNA-Gly  98.68 
 
 
76 bp  143  7e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000189578  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0020  tRNA-Gly  98.65 
 
 
76 bp  139  1e-31  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00286535 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00031  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000457185  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00080  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000419569  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00081  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000257411  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00082  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000239785  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0044  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.35893e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0083  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.37865e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0084  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  6.413230000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0085  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  5.68672e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4714  tRNA-Gly  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000434164  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0043  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0822724  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4715  tRNA-Gly  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000447473  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0012  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000103528  unclonable  0.00000189015 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0072  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000137146  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna21  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4953  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000153884  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4280  tRNA-Gly  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000230122  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2055  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000108601  hitchhiker  0.000600208 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t21  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t23  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t38  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.288871  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0026  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.578949  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0049  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000246877  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lppt36  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt36  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA45  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000360899  normal  0.702683 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA57  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.256598  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA59  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609929  normal  0.691703 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0031  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0672665  normal  0.623556 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0014  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000460398  unclonable  0.00000183303 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4634  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000734065  normal  0.104164 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0045  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0905677 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0075  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000219757  hitchhiker  0.00000000043748 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2616  tRNA-Gly  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.256373  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0024  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.831338  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4723  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.032e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R50  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.332588 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R61  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R63  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R65  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0048  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0352694  hitchhiker  0.000658137 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0077  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.707613  normal  0.5241 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0045  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.57723  normal  0.0236363 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0099  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000502602  hitchhiker  0.0000112339 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0055  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00145932  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0098  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000512871  hitchhiker  0.000011037 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0024  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000696404  hitchhiker  0.000000493359 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5111  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000015095  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0100  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000550184  hitchhiker  0.000011037 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0041  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.142382  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0042  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.177024  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5039  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000010276  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0909  tRNA-Gly  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0707  tRNA-Gly  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0600854  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0706  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0583224  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0029  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0432235  normal  0.609581 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0051  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000228053  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4635  tRNA-Gly  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000000555616  normal  0.101529 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0042  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0888454 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1272  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000331558  hitchhiker  0.00050925 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0078  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67777  normal  0.517696 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2338  tRNA-Gly  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00378756  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2337  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0125428  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0027  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.307815  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4238  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.1159899999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0050  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4954  tRNA-Gly  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000153884  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0992  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.34498e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna23  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0050  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000544411  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4279  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.4241200000000006e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1013  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0044  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0345012  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2107  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000515122  hitchhiker  1.53435e-16 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0048  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000507488  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4278  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  5.821950000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4724  tRNA-Gly  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.56815e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0049  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000555538  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4671  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  7.05705e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5110  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000138162  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5109  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000169748  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4636  tRNA-Gly  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000000617917  normal  0.102645 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4725  tRNA-Gly  97.37 
 
 
78 bp  135  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.64891e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0080  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.8513  normal  0.517696 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0023  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000631988  hitchhiker  0.000000537949 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0022  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000631988  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0013  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000958382  unclonable  0.00000189015 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>