More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_R0004 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_R0004  tRNA-Gly  100 
 
 
75 bp  149  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.679327 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA4  tRNA-Gly  98.67 
 
 
75 bp  141  3e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.489059 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0001    98.67 
 
 
75 bp  141  3e-32  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0451223 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0001  tRNA-Gly  98.67 
 
 
75 bp  141  3e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0060  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.766632 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0037  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0060  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.312952  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt08  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.711822  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt09  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.745225  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0015  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.409791  hitchhiker  0.00133566 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0055  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.9646 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0045  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.471231 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0063  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.333603 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0052  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.165358 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0024  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.113773  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0052  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0060  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.18005  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0004  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.54255  normal  0.0153905 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0014  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.854137  normal  0.0928806 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0058  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0059  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.07343  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0005  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.118248  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0061  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.638683  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0054  tRNA-Gly  96 
 
 
75 bp  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.290496  normal  0.747562 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0959  tRNA-Gly  96 
 
 
77 bp  125  2e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0839  tRNA-Gly  94.67 
 
 
77 bp  117  3.9999999999999997e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.343418  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0007  tRNA-Gly  94.67 
 
 
75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0005  tRNA-Gly  94.67 
 
 
75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0046  tRNA-Gly  94.67 
 
 
75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0042  tRNA-Gly  94.67 
 
 
75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4576  tRNA-Gly  94.67 
 
 
75 bp  117  3.9999999999999997e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0016  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0015  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0046  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0040  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0471615  normal  0.863144 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0054  tRNA-Gly  93.33 
 
 
75 bp  109  9.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0010  tRNA-Gly  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0010  tRNA-Gly  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0044  tRNA-Gly  92 
 
 
75 bp  101  2e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.69312  normal  0.302799 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0021  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000205707  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0023  tRNA-Gly  90.67 
 
 
75 bp  93.7  5e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  unclonable  0.00000000000214158  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0027  tRNA-Gly  97.92 
 
 
77 bp  87.7  3e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0050  tRNA-Gly  96.43 
 
 
73 bp  87.7  3e-16  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0028  tRNA-Gly  93.33 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000469989  normal  0.0212427 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0026  tRNA-Gly  93.33 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000390133  normal  0.0221224 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0061  tRNA-Gly  97.92 
 
 
75 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0004  tRNA-OTHER  97.92 
 
 
67 bp  87.7  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6044  tRNA-Gly  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0006  tRNA-Gly  96.08 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0053  tRNA-Gly  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0070  tRNA-Gly  89.33 
 
 
75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_R0063  tRNA-Gly  92.54 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.362704  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_R0048  tRNA-Gly  89.47 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000863907  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0028  tRNA-Gly  89.71 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.433481  normal  0.466553 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0044  tRNA-Gly  89.71 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0008  tRNA-Gly  89.47 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.142347  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0031  tRNA-Gly  89.71 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.000029648 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0046  tRNA-Gly  89.71 
 
 
75 bp  79.8  0.00000000000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.098729  normal  0.38061 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_R0048  tRNA-Gly  89.47 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0106217  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0043  tRNA-Gly  89.47 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.607028  normal  0.490621 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0030  tRNA-Gly  89.47 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.121021  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0054  tRNA-Gly  89.47 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0271354  normal  0.903317 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0036  tRNA-Gly  94.55 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0117844 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0034  tRNA-Gly  94.55 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0217545 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tGly01  tRNA-Gly  94.55 
 
 
76 bp  77.8  0.0000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.682857  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0011  tRNA-Gly  94.44 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.770603  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0010  tRNA-Gly  94.44 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.695097  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0006  tRNA-Gly  94.44 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000670589  normal  0.608185 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0007  tRNA-Gly  94.44 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000264887  normal  0.61678 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0050  tRNA-Gly  88.41 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00165947  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-1  tRNA-Gly  88.41 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000588237  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Gly-4  tRNA-Gly  88.41 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  89.04 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  92.45 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.36527  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0044  tRNA-Gly  92.45 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00255441  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0072  tRNA-Gly  92.45 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.827056  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0073  tRNA-Gly  92.45 
 
 
75 bp  73.8  0.000000000005  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.611784  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0028  tRNA-Gly  91.07 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000877648  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0177  tRNA-Gly  91.07 
 
 
72 bp  71.9  0.00000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0015  tRNA-Ser  93.75 
 
 
67 bp  71.9  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.0082796  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00080  tRNA-Gly  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000419569  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0044  tRNA-Gly  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.35893e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0083  tRNA-Gly  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.37865e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t35  tRNA-Gly  94.12 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4278  tRNA-Gly  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  5.821950000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t23  tRNA-Gly  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t38  tRNA-Gly  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.288871  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4238  tRNA-Gly  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.1159899999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2338  tRNA-Gly  94.12 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00378756  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2337  tRNA-Gly  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0125428  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4280  tRNA-Gly  94.12 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000230122  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2616  tRNA-Gly  94.12 
 
 
78 bp  69.9  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.256373  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0005  tRNA-Gly  92.16 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000151844  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0029  tRNA-Gly  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.122456  normal  0.962051 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4279  tRNA-Gly  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.4241200000000006e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0023  tRNA-Gly  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0047  tRNA-Gly  86.67 
 
 
75 bp  69.9  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.722029  normal  0.0798457 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0012  tRNA-Gly  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000103528  unclonable  0.00000189015 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0013  tRNA-Gly  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000958382  unclonable  0.00000189015 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0014  tRNA-Gly  94.12 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000460398  unclonable  0.00000183303 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>