298 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daro_R0038 on replicon NC_007298
Organism: Dechloromonas aromatica RCB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007298  Daro_R0037  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0038  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0059  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0507601  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0061  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0898081  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0023  tRNA-Gly  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.881928  decreased coverage  0.000601016 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0056  tRNA-Gly  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.666652  normal  0.4347 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0045  tRNA-Gly  97.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.970525  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0001  tRNA-Gly  97.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.598481  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0011  tRNA-Gly  97.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.15715  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0013  tRNA-Gly  97.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.155997  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0023  tRNA-Gly  97.1 
 
 
76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0037  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0035  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.207428  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0036  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.051021  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Gly-3  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0495451  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0037  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0038  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0068  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00512241  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2881  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2882  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0050  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00077941  normal  0.344918 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0049  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00162631  normal  0.347035 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1741  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0350949  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1742  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0559851  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0036  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.19079  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0035  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0039  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00658177  decreased coverage  0.00000286482 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0040  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00614875  decreased coverage  0.00000263085 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0019  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0732423  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0020  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.112784  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0021  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.168076  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0035  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000173498  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0036  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000574217  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0037  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000566615  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0033  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.100821  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0034  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.205379  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0035  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0035  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0590805  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0046  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.100607 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0048  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.395068  normal  0.100997 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2454  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.880044  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2826  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0217259  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2827  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0128974  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2766  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0786611  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2767  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0513521  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2826  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2827  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1777  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  decreased coverage  0.00314954  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0036  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.279853  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0051  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000327476  normal  0.339785 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0037  tRNA-Gly  94.74 
 
 
76 bp  119  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.211481  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0043  tRNA-Gly  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00341468  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0044  tRNA-Gly  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.013329  normal  0.99192 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0045  tRNA-Gly  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0960605  normal  0.982559 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0013  tRNA-Gly  95.65 
 
 
76 bp  113  6e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0039  tRNA-Gly  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.169853  normal  0.361721 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0056  tRNA-Gly  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00797069  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0057  tRNA-Gly  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000972569  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0038  tRNA-Gly  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.236319  normal  0.351853 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0045  tRNA-Gly  94.2 
 
 
76 bp  105  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0047  tRNA-Gly  94.2 
 
 
76 bp  105  1e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.686497  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0034  tRNA-Gly  94.2 
 
 
76 bp  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.252828  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0032  tRNA-Gly  94.2 
 
 
76 bp  105  1e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.165397  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Gly-2  tRNA-Gly  96.55 
 
 
73 bp  99.6  9e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0043  tRNA-Gly  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0822724  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna23  tRNA-Gly  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0041  tRNA-Gly  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.142382  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RS04003  tRNA-Gly  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.0000136534  normal  0.315468 
 
 
-
 
NC_003295  RS04004  tRNA-Gly  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  hitchhiker  0.000000202158  normal  0.305986 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0008  tRNA-Gly  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.521069  normal  0.137143 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0011  tRNA-Gly  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0189019  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0042  tRNA-Gly  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.177024  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0037  tRNA-Gly  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.694382  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0035  tRNA-Gly  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0044  tRNA-Gly  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0345012  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0007  tRNA-Gly  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.38046  normal  0.136228 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0039  tRNA-Gly  98.11 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna21  tRNA-Gly  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0039  tRNA-Gly  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0037  tRNA-Gly  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0670203 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0036  tRNA-Gly  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0010  tRNA-Gly  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0183648  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0036  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.209846 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00103  tRNA-Gly  96.08 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00111  tRNA-Gly  96.08 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00109  tRNA-Gly  96.08 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00105  tRNA-Gly  96.08 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05677  tRNA-Gly  96.08 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02744  tRNA-Gly  96.08 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00102  tRNA-Gly  96.08 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2748  tRNA-Gly  96.08 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000195366  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0021  tRNA-Gly  96.08 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0839387  normal  0.279946 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00107  tRNA-Gly  96.08 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0040  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.291928 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0038  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.216536 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0037  tRNA-Gly  100 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.212717 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02742  tRNA-Gly  96.08 
 
 
73 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0837  tRNA-Gly  96.08 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.9888e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0839  tRNA-Gly  96.08 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  2.75762e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>