299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0063 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0063  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.362704  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_R0043  tRNA-Gly  91.04 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.607028  normal  0.490621 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0004  tRNA-Gly  92.54 
 
 		 75 bp  85.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.679327 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0032  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000809268 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0034  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.371143  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0037  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.382457  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0035  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000926277 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0026  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000000390133  normal  0.0221224 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0058  tRNA-Gly  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0028  tRNA-Gly  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000469989  normal  0.0212427 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0001    92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0451223 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0001  tRNA-Gly  92.86 
 
 		 75 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0033  tRNA-Gly  94.23 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.688616  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA4  tRNA-Gly  91.04 
 
 		 75 bp  77.8  0.0000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.489059 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00031  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000457185  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00080  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00000419569  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00081  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000257411  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00082  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000239785  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0044  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  1.35893e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0083  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.37865e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0084  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  6.413230000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0085  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  5.68672e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t32  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t34  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.286762 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t35  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.291573 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t61  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.58231  normal  0.0299254 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0026  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.578949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4238  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  5.1159899999999996e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4713  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000628105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4725  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.64891e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5109  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000169748  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t21  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t23  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t38  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.288871  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA45  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000360899  normal  0.702683 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA57  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.256598  normal  0.6882 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA59  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0609929  normal  0.691703 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0024  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.831338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4635  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000000555616  normal  0.101529 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0050  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4953  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000153884  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0992  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  4.34498e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0027  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.307815  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4634  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000734065  normal  0.104164 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4724  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.56815e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R50  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.332588 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R61  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.98827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R63  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R65  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.995231 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5039  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000010276  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0042  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0888454 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0050  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000544411  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0023  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000631988  hitchhiker  0.000000537949 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0049  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000555538  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0048  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  unclonable  0.000000000000507488  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4954  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000153884  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0100  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000550184  hitchhiker  0.000011037 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5111  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000015095  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0055  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00145932  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2055  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000108601  hitchhiker  0.000600208 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0707  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0600854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0706  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0583224  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4636  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000000000617917  normal  0.102645 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2616  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.256373  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2338  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00378756  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2337  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0125428  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0044  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0908576 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4671  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  7.05705e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4770  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.081993  normal  0.0474475 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4723  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.032e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0045  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0905677 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1272  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000331558  hitchhiker  0.00050925 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27620  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0363861  decreased coverage  0.00144796 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30680  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00819815  hitchhiker  0.00300406 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0045  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.57723  normal  0.0236363 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0048  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0352694  hitchhiker  0.000658137 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0078  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.67777  normal  0.517696 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4771  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0774418  normal  0.0477012 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4278  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  5.821950000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4621  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0773433  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2107  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000515122  hitchhiker  1.53435e-16 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4714  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000434164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2159  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.000010146  hitchhiker  0.000000000399675 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4715  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000447473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4280  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000230122  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0022  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000631988  hitchhiker  0.000000512691 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5110  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000138162  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0072  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0000137146  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0049  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000246877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0099  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000502602  hitchhiker  0.0000112339 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0098  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000512871  hitchhiker  0.000011037 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0024  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000000696404  hitchhiker  0.000000493359 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0031  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0672665  normal  0.623556 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0075  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000219757  hitchhiker  0.00000000043748 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0080  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.8513  normal  0.517696 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0029  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0432235  normal  0.609581 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0012  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000000103528  unclonable  0.00000189015 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0013  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000958382  unclonable  0.00000189015 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0014  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000460398  unclonable  0.00000183303 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0051  tRNA-Gly  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000228053  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>