102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_R0032 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013441  Gbro_R0032  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0037  tRNA-His  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0609753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0028  tRNA-His  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.392784  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0036  tRNA-His  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0128871  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0033  tRNA-His  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.704433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0033  tRNA-His  97.3 
 
 		 76 bp  131  3e-29  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.628248 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0016  tRNA-His  96 
 
 		 76 bp  125  2e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14029  tRNA-His  98.39 
 
 		 76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205987 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0023  tRNA-His  92.54 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0049  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0042  tRNA-His  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.883646 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0031  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.110358 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0042  tRNA-His  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.187364  normal  0.613143 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0042  tRNA-His  88.89 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lppt23  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt23  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2519  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00159808  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2530  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137237  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2223  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000628537  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2234  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000174827  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0037  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0017  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.547674  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0032  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.30442  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0022  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0015  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_003295  RS02876  tRNA-His  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0313769  normal  0.542312 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0021  tRNA-His  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.203803 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0047  tRNA-His  86.57 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.627276  normal  0.0396091 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0022  tRNA-His  87.3 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0009  tRNA-His  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000796355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0010  tRNA-His  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0197476  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0045  tRNA-His  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000886239  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0016  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.33811 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0027  tRNA-His  87.5 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000752575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0005  tRNA-His  85.29 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112235  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28660  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0457487 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19680  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.13556  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0038  tRNA-His  85.07 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0024  tRNA-His  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0018  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.338609  normal  0.373467 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0047  tRNA-His  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2767  tRNA-His  84 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.2257  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0008  tRNA-His  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.958243  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0014  tRNA-His  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.808445  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0022  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.119754  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0021  tRNA-His  86.44 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000695669 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0011  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.000000000136335  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0095  tRNA-His  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0119  tRNA-His  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0557096  normal  0.380201 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0004  tRNA-His  88 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.60167 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0036  tRNA-His  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.435754 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0069  tRNA-His  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000556793  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0021  tRNA-His  85.51 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  unclonable  0.00000000077385  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0683  tRNA-His  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.684611  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0002  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.367155  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0788  tRNA-His  84.06 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.611877  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0041  tRNA-His  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.137953 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0043  tRNA-His  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.130453 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0044  tRNA-His  85.51 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000342103  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0041  tRNA-His  85.51 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0113138  normal  0.890079 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0028  tRNA-His  85.51 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.252923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0034  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0037  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0476  tRNA-His  87.5 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00000249939  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0049  tRNA-His  84.21 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000343908  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0040  tRNA-His  85 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0030  tRNA-His  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.142316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t38  tRNA-His  84.51 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000100556  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0011  tRNA-His  86.57 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000750862  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0025  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0357766  normal  0.112448 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0026  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0364321  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0027  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0556629  normal  0.064648 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0043  tRNA-His  83.58 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.925316 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  85.71 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0038  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000264026  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0040  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000865357  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0042  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000403419  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0024  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.16238  normal  0.146068 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0025  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.103227  normal  0.238575 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0049  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.221048  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tAsp01  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0846987  normal  0.356789 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0027  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.221595  normal  0.0673851 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0046  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.923307  normal  0.624215 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0051  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0045  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.280943 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0015  tRNA-His  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000558308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0087  tRNA-His  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000283468  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0016  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.649998  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14012  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  3.2553699999999997e-37  hitchhiker  0.00000344638 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0048  tRNA-His  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000560154  hitchhiker  0.0000786314 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0144  tRNA-His  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00158556  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0052  tRNA-Asp  100 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.000156743  normal  0.332639 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0045  tRNA-His  84.29 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000161818  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_R0017  tRNA-Gly  86 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_R0026  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37120  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.176209  normal  0.041751 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0031  tRNA-His  93.33 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00000176121  normal  0.0395456 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0020  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24880  tRNA-His  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.737137 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0057  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.116847  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>