89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPR_2234 on replicon NC_008262
Organism: Clostridium perfringens SM101



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008262  CPR_2234  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00000000174827  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2223  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000628537  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2530  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000000137237  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2519  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00159808  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0016  tRNA-His  90.91 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14029  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205987 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0022  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0049  tRNA-His  87.32 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0037  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0609753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0033  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.704433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0018  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.898186  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0023  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0036  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0128871  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0033  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.628248 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0028  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.392784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0032  tRNA-His  88.33 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0042  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.187364  normal  0.613143 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0040  tRNA-His  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.239728  normal  0.262855 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3503  tRNA-His  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3505  tRNA-His  87.93 
 
 		 78 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41330  tRNA-His  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.908879  normal  0.386622 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60220  tRNA-His  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0042  tRNA-His  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.883646 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0024  tRNA-His  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000441767  unclonable  9.7747e-19 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0006  tRNA-His  89.09 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000105262  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0017  tRNA-His  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.547674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0037  tRNA-His  84.51 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0015  tRNA-His  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0027  tRNA-His  87.1 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000752575  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna021  tRNA-His  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000113486  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna019  tRNA-His  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000572511  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0051  tRNA-His  100 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  decreased coverage  0.000000083549  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0812  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0476  tRNA-His  85.25 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.00000249939  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0016  tRNA-His  94.59 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0319079  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0024  tRNA-His  86.89 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  2.62576e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA32  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.922886  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t44  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0633005  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0070  tRNA-His  100 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0203804  normal  0.914236 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0047  tRNA-His  92.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.030582 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0043  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.130453 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0041  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.137953 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0788  tRNA-His  91.67 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.611877  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0683  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.684611  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0069  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000556793  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0044  tRNA-His  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.1121e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R54  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.927738 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R52  tRNA-His  91.67 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0019  tRNA-His  83.1 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.322851  normal  0.248393 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0006  tRNA-Trp  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mflt017  tRNA-Phe  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00428757  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0048  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00105769  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0031  tRNA-His  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.110358 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5086  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.446853  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4122  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4287  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5198  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0861093  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0089  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0006  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0090  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0007  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0092  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_06590  tRNA-His  92.11 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.435394 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0031  tRNA-His  85.48 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00000176121  normal  0.0395456 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0002  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4709  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.9349  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0108  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0040  tRNA-His  86 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4336  tRNA-His  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tTrp01  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0058  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0040  tRNA-His  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.651238 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0004  tRNA-His  94.12 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.817868  normal  0.0325973 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0098  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0104922 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0030  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.0533128 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0064  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0173961  normal  0.106433 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4198  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000399283  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4107  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00066  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.533976  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0099  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0501832  normal  0.522797 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0474  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000513688  normal  0.0378852 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0041  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.840083  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0125  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0562008  normal  0.0871629 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4130  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0268004  normal  0.308865 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4323  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.654962  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0028  tRNA-Gly  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0043  tRNA-Gly  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.530353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4179  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4228  tRNA-Trp  96.15 
 
 		 78 bp  44.1  0.005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.287141  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>