110 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_R0032 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_R0032  tRNA-His  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.30442  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0042  tRNA-His  93.33 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.443699  normal  0.883646 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_R0016  tRNA-His  92 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.398986  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0045  tRNA-His  90.67 
 
 		 76 bp  93.7  5e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.447472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14029  tRNA-His  90.14 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00205987 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0023  tRNA-His  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0040  tRNA-His  89.19 
 
 		 78 bp  83.8  0.000000000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0022  tRNA-His  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_28660  tRNA-His  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.0457487 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0042  tRNA-His  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0021  tRNA-His  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.203803 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0047  tRNA-His  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.627276  normal  0.0396091 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0043  tRNA-His  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.925316 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0024  tRNA-His  89.47 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0030  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.142316  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0042  tRNA-His  86.67 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.187364  normal  0.613143 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0186  tRNA-His  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0038  tRNA-His  86.3 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0037  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0609753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0028  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.392784  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0032  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24880  tRNA-His  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.737137 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0044  tRNA-His  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.1121e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0036  tRNA-His  86.57 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0128871  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0033  tRNA-His  86.57 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.704433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0033  tRNA-His  86.57 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.628248 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0020  tRNA-His  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.889352  normal  0.733975 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08830  tRNA-His  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0406412  normal  0.0611739 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0015  tRNA-His  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0035  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000000105809  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0015  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000558308  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0087  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000283468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0005  tRNA-His  87.1 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000112235  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt23  tRNA-His  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt23  tRNA-His  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0019  tRNA-His  84.93 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0563192  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0038  tRNA-His  86.11 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.322941  normal  0.556926 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0039  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.639716  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0040  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.646222  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0014  tRNA-His  86.84 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0019  tRNA-His  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0628666  normal  0.210857 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0016  tRNA-His  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0683  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.684611  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0788  tRNA-His  85.71 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.611877  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0047  tRNA-His  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2767  tRNA-His  85.07 
 
 		 78 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.2257  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0027  tRNA-His  85.07 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000556999  normal  0.160274 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0060  tRNA-His  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0009  tRNA-His  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000796355  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0010  tRNA-His  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0197476  normal  0.604163 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0095  tRNA-His  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0119  tRNA-His  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0557096  normal  0.380201 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0045  tRNA-His  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000886239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0623  tRNA-His  83.78 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0104886  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0009  tRNA-His  87.76 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000404994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0021  tRNA-His  86.89 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.730448  normal  0.901985 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3788  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.99066  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4649  tRNA-His  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.241852  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tHis01  tRNA-His  85.71 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.0000000000397081  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0059  tRNA-His  85.94 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0059  tRNA-His  85.94 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0021  tRNA-His  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000695669 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_09730  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  decreased coverage  0.0000000907355  hitchhiker  0.0000119481 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_R0046  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.000000374178  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t16  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00767918  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t10  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000121578  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0011  tRNA-His  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000750862  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0033  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0005  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.134807  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0021  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.139674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192488  normal  0.776815 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0026  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0323919 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0050  tRNA-His  82.67 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0031  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0072  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000825993  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000663854  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000200408  hitchhiker  0.00313302 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0054  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000720671  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000145689  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0045  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579908  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0036  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03520  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.673814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08630  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000480255  hitchhiker  0.000000163212 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0048  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.397818  normal  0.996159 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0019  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00742294  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0022  tRNA-His  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0008  tRNA-His  83.87 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.400368  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0015  tRNA-Gly  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000209319  hitchhiker  0.00483772 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0007  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0059  tRNA-Asp  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.778422  normal  0.68606 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0048  tRNA-His  82.86 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000560154  hitchhiker  0.0000786314 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0144  tRNA-His  82.86 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00158556  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60150  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_01860  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0073  tRNA-Asp  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.524429 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0006  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.0000228394  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>