137 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_t16 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_t16  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0026  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0323919 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0031  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0072  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  145  2e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R20  tRNA-Thr  97.1 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180694  normal  0.11895 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0062  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 76 bp  113  6e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269971  normal  0.0642327 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0045  tRNA-Thr  93.94 
 
 		 76 bp  99.6  8e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01506  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0039  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  3e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000122131  normal  0.654023 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0011  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0710124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0014  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0215661  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0031  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0799224  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0030  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0191215  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0055  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0031  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.455628  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0040  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0031  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0547169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0040  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 76 bp  97.6  3e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0920487  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0045  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  8e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579908  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.732279  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3032  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1602  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.57437  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0041  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.259143  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2621  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0778487  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0992  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2927  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2989  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.920581  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0155  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0020  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0033  tRNA-Thr  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.531493  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0061  tRNA-Thr  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.472311  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0035  tRNA-Thr  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.189489  normal  0.0273224 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0032  tRNA-Thr  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.900036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0042  tRNA-Thr  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00571323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0031  tRNA-Thr  90.32 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0180347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0034  tRNA-Thr  89.39 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0014  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0033  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0015  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0036  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60150  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0021  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.139674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0016  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192488  normal  0.776815 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0058  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00005  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0071  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0026  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0289  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.514684  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0072  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000258619  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0026  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.477919  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4645  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5010  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0764827  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0073  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0084  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.806179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0298  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00048351 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0355  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.170525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0202  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0358  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0364  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0365  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000585486 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0373  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0664005  normal  0.64583 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0028  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000154592  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  88.06 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0036  tRNA-Thr  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.212017  normal  0.456319 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0019  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000126539  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  87.88 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna8  tRNA-Thr  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.222238  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0040  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000012917  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0043  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0013  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.137492  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0013  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000261851  hitchhiker  0.00494296 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  60  0.00000007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00767918  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0011  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0012  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.337917 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26520  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.301685  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0019  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  hitchhiker  0.00742294  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0038  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000295037  normal  1 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0748  tRNA-Phe  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0284  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.359801  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0035  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0451303  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0158  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2373  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0053  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0049  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0084  tRNA-Lys  100 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0053  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.869905 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0001  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0487853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0055  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.653015  normal  0.0209073 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0034  tRNA-Asn  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.343285  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03520  tRNA-Met  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.673814  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00351824  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0009  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.269923  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0060  tRNA-Phe  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000308543  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0023  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00163984  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0015  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0026  tRNA-Pro  96.3 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>