239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_R0034 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_R0034  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.343285  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0031  tRNA-Asn  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000643005  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0046  tRNA-Asn  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000652879 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2872  tRNA-Asn  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0539  tRNA-Asn  89.58 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0576247  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna8  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.222238  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2868  tRNA-Asn  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000077985  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2866  tRNA-Asn  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000326187  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0031  tRNA-Asn  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0031  tRNA-Asn  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0028  tRNA-Asn  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.546995  normal  0.0230083 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0012  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00139972  normal  0.0253033 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0034  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000816877  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0034  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000927259  normal  0.865314 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0030  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0015  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.0000090416  normal  0.096467 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0031  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0040  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.471786  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t16  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS01506  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RS04000  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  unclonable  0.0000000234259  normal  0.180711 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0033  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000000561489  normal  0.861574 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0052  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000077031  normal  0.334257 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0031  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0547169  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asn-1  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00000000733307  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Asn-2  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  unclonable  0.0000000000219995  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0036  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0058  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0204591  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0039  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000683779  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_BR0067  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.017802  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2933  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000103893  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2934  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  unclonable  0.000000000107091  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0039  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000122131  normal  0.654023 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0041  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000000156611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0042  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000118155  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1694  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000655651  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1695  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000039183  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0058  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000161243  normal  0.35432 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0059  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000863176  normal  0.357197 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0011  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0710124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0041  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.0000000000000766368  normal  0.537941 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0014  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0215661  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0017  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.000000497879  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0018  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  unclonable  0.0000000000318687  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0041  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.000000000136051  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0039  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.340367  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0031  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0799224  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0033  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000000348439  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0034  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  unclonable  0.000000000129233  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0030  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0191215  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0031  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.0000000000000420525  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0032  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  unclonable  0.0000000000000399959  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0026  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0323919 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0055  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0072  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0053  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000000146858  normal  0.336474 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0031  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.455628  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0040  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0920487  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0033  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106516  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0039  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.480095  normal  0.241646 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0040  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.345644  normal  0.239692 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0029  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0902412  normal  0.0228096 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2504  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000220613  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2505  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000358439  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0049  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0031  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0044  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.975167 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2777  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  unclonable  0.00000000000000132175  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2778  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  unclonable  0.00000000000000136224  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2815  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  unclonable  0.0000000000000687096  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2816  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000213443  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2876  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00000608308  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2877  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.000083016  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1827  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000000383141  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1828  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.0000000401968  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0040  tRNA-Thr  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0040  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  unclonable  0.000000000158111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0034  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000000225096  normal  0.395781 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0033  tRNA-Asn  93.75 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000000224831  normal  0.39291 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0045  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0298  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00048351 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0071  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0365  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000585486 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4645  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0033  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.531493  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0048  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.780393  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0068  tRNA-Asn  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000331868  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0070  tRNA-Asn  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000211799  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5010  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0764827  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0364  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0358  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0289  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.514684  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0355  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.170525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0373  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0664005  normal  0.64583 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0084  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.806179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0074  tRNA-Asn  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.000000000706993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0076  tRNA-Asn  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000019522  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0026  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.477919  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0034  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0023  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>