292 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A0539 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A0539  tRNA-Asn  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0576247  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAsn02  tRNA-Asn  96.05 
 
 
79 bp  127  4.0000000000000003e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0000126984  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAsn01  tRNA-Asn  93.42 
 
 
79 bp  111  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tAsn03  tRNA-Asn  93.42 
 
 
79 bp  111  2.0000000000000002e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00033  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000215515  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00034  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.107605  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00035  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0182063  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00036  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00807096  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0039  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000583297  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0040  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000809411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0041  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000608298  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0042  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0486048  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0054  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0020745  normal  0.0821499 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1138  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000053435  hitchhiker  0.0000316905 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2101  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000110399  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0042  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0053  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.593082  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0701  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000100783  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0069  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000387596  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2067  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000248141  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1689  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000039429  normal  0.0295591 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0046  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.426184  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2117  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000210922  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5044  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000306715  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4675  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.10432e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2828  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.0000000009475  normal  0.641143 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1678  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.000000000075386  normal  0.180154 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0059  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0526043  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5043  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000344379  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1135  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000155907  hitchhiker  0.0000576998 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0067  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.057405  normal  0.869795 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0034  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.685825  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4240  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  6.488670000000001e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0024  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.131975  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1140  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000039643  hitchhiker  0.0000118224 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2182  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000320944  normal  0.975186 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2222  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00135486  normal  0.332417 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2170  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000382862  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2163  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000349839  normal  0.522468 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2304  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000213105  hitchhiker  2.5e-18 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0068  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0053  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00100848  normal  0.0860843 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2830  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000781993  normal  0.665303 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2349  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000365984  hitchhiker  0.00169807 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0033  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.240758  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0070  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.263184 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0039  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.227899  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2820  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.000000000847823  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0049  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.121893  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0026  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.332926  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0025  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.253153  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0058  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0045  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000379772  normal  0.0321214 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0047  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.044997  normal  0.297586 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0055  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0679012 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1147  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000475787  hitchhiker  0.0000000000000160242 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0056  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0654977 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2167  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000034435  normal  0.244558 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0700  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000000146512  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0768  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000185635  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0877  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000109556  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2184  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00931098  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2170  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.464864  normal  0.318771 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2234  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000137279  normal  0.643353 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2220  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000122834  normal  0.473554 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2236  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0760667  normal  0.274847 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2172  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000152645  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2165  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000000402737  normal  0.996727 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0044  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000371151  hitchhiker  0.00258348 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0046  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000733647  normal  0.0337156 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2347  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000405542  hitchhiker  0.00383483 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2115  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000335092  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0047  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4235  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000287726  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0075  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000218117  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2834  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000158247  normal  0.787157 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4241  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  5.07501e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4673  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.54292e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2105  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000627043  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5041  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000117093  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0044  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4676  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.2991999999999998e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4674  tRNA-Asn  96.36 
 
 
78 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.04285e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5042  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000464951  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0040  tRNA-Asn  96.36 
 
 
76 bp  93.7  5e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2866  tRNA-Asn  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000326187  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2872  tRNA-Asn  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2868  tRNA-Asn  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000077985  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t050  tRNA-Asn  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t051  tRNA-Asn  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0068  tRNA-Asn  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0474424  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0069  tRNA-Asn  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0448406  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0100  tRNA-Asn  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685939  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0101  tRNA-Asn  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000753744  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0102  tRNA-Asn  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000804325  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0088  tRNA-Asn  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000246842  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0089  tRNA-Asn  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000235445  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0090  tRNA-Asn  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000121304  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0091  tRNA-Asn  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000108564  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0092  tRNA-Asn  94.55 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000095215  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>