270 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_R0031 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RS01506  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0040  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0055  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0040  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0920487  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0710124  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0031  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.455628  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0014  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0215661  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0031  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0547169  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0031  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0799224  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0030  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0191215  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0039  tRNA-Thr  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000122131  normal  0.654023 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0062  tRNA-Thr  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269971  normal  0.0642327 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0033  tRNA-Thr  98.55 
 
 
76 bp  129  1.0000000000000001e-28  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.531493  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0020  tRNA-Thr  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00005  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0071  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0298  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00048351 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0355  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.170525  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0358  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0026  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0364  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4645  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0072  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000258619  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0289  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.514684  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5010  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0764827  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0084  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.806179  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0026  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.477919  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0202  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0073  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0365  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000585486 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0373  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0664005  normal  0.64583 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2989  tRNA-Thr  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.920581  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.732279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2927  tRNA-Thr  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3032  tRNA-Thr  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1602  tRNA-Thr  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.57437  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0992  tRNA-Thr  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0155  tRNA-Thr  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2621  tRNA-Thr  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0778487  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0045  tRNA-Thr  94.2 
 
 
76 bp  105  1e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna8  tRNA-Thr  94.2 
 
 
76 bp  105  1e-21  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.222238  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0036  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.212017  normal  0.456319 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0031  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0072  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0026  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0323919 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t16  tRNA-Thr  91.78 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0058  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0014  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0034  tRNA-Thr  92.75 
 
 
76 bp  97.6  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0042  tRNA-Thr  89.86 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00571323  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0061  tRNA-Thr  89.86 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.472311  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0032  tRNA-Thr  89.86 
 
 
76 bp  81.8  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.900036  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  88.89 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00767918  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R20  tRNA-Thr  88.89 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180694  normal  0.11895 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0036  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0033  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0015  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0045  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579908  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0031  tRNA-Thr  95.83 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0180347  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0035  tRNA-Thr  95.83 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.189489  normal  0.0273224 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0021  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.139674  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0016  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192488  normal  0.776815 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0070  tRNA-Thr  100 
 
 
77 bp  75.8  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  88.57 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60150  tRNA-Thr  87.67 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0013  tRNA-Thr  88.41 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000261851  hitchhiker  0.00494296 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0041  tRNA-Thr  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.259143  normal 
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.16 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.159115  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0023  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00163984  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5011  tRNA-OTHER  100 
 
 
80 bp  69.9  0.00000000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0034  tRNA-Thr  87.14 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0040  tRNA-Thr  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00000012917  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0284  tRNA-Thr  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.359801  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  87.88 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  86.96 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0891  tRNA-Thr  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0019  tRNA-Thr  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000545792 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0024  tRNA-Thr  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0019  tRNA-Thr  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000126539  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0053  tRNA-Thr  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0049  tRNA-Thr  94.87 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0028  tRNA-Thr  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000154592  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0033  tRNA-Thr  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.389622  normal  0.782985 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0001  tRNA-Thr  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0037  tRNA-Thr  84.72 
 
 
76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0043  tRNA-Thr  89.58 
 
 
76 bp  56  0.000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_26520  tRNA-Thr  89.58 
 
 
76 bp  56  0.000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.301685  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0027  tRNA-Thr  88.24 
 
 
73 bp  54  0.000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0024  tRNA-Thr  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.226382 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0017  tRNA-Thr  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.106055  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0038  tRNA-Thr  90.48 
 
 
75 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000000295037  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0061  tRNA-Thr  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_R0024  tRNA-Thr  90.48 
 
 
76 bp  52  0.00002  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.223347  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0035  tRNA-Thr  94.12 
 
 
73 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0451303  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_R0020  tRNA-Thr  100 
 
 
73 bp  52  0.00002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0183484  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>