193 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_R0015 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_R0033  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0015  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0036  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0021  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.139674  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192488  normal  0.776815 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0045  tRNA-Thr  97.37 
 
 
76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579908  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0041  tRNA-Thr  96.05 
 
 
76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.259143  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  95.71 
 
 
76 bp  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  95.65 
 
 
76 bp  113  6e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  93.42 
 
 
76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  95.45 
 
 
73 bp  107  4e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60150  tRNA-Thr  95.08 
 
 
73 bp  97.6  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.732279  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3032  tRNA-Thr  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1602  tRNA-Thr  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.57437  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2621  tRNA-Thr  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0778487  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0992  tRNA-Thr  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2927  tRNA-Thr  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2989  tRNA-Thr  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.920581  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0155  tRNA-Thr  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0032  tRNA-Thr  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.900036  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0061  tRNA-Thr  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.472311  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0042  tRNA-Thr  91.3 
 
 
76 bp  89.7  9e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00571323  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0014  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  87.7  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0058  tRNA-Thr  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0040  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0920487  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01506  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0031  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.455628  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0040  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0011  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0710124  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0014  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0215661  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0031  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0799224  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0030  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0191215  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0031  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0547169  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0031  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0072  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0062  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269971  normal  0.0642327 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0026  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0323919 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0055  tRNA-Thr  88.16 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0012  tRNA-Thr  92.59 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.337917 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t16  tRNA-Thr  87.67 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0039  tRNA-Thr  93.88 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000122131  normal  0.654023 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0035  tRNA-Thr  93.75 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.189489  normal  0.0273224 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  97.5 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.00767918  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0031  tRNA-Thr  93.75 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0180347  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0016  tRNA-Thr  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.150249 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0013  tRNA-Thr  95.24 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.137492  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0036  tRNA-Thr  91.84 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.212017  normal  0.456319 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0020  tRNA-Thr  91.84 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0045  tRNA-Thr  86.96 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0011  tRNA-Thr  88.52 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  93.02 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0010  tRNA-Thr  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0012  tRNA-Thr  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.734226  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0024  tRNA-Thr  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00005  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0071  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0024  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.226382 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0364  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0033  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.531493  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0072  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000258619  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0050  tRNA-Thr  88.89 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.573198  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0073  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0026  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0061  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0035  tRNA-Thr  92.86 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0451303  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0084  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.806179  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0355  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.170525  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0008  tRNA-Thr  88.89 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.443897  hitchhiker  0.0012739 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0289  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.514684  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0011  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0365  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000585486 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  88.89 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0202  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0017  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.106055  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0026  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.477919  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0023  tRNA-Thr  92.86 
 
 
73 bp  60  0.00000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0298  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00048351 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0373  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0664005  normal  0.64583 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0358  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4645  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5010  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0764827  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32560  tRNA-Thr  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  94.44 
 
 
76 bp  56  0.000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R20  tRNA-Thr  84.72 
 
 
76 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180694  normal  0.11895 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0019  tRNA-Thr  84.21 
 
 
76 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000126539  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0051  tRNA-Thr  88.46 
 
 
73 bp  56  0.000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  84.21 
 
 
76 bp  56  0.000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_R0034  tRNA-Thr  89.29 
 
 
75 bp  56  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.580916  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0019  tRNA-Thr  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  87.27 
 
 
76 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_R0049  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  54  0.000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0026  tRNA-Thr  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  88.24 
 
 
76 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0056  tRNA-Thr  87.04 
 
 
76 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0218675 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>