148 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_32560 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_32560  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0011  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0015  tRNA-Thr  96.88 
 
 		 73 bp  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0013  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.137492  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0014  tRNA-Thr  96.88 
 
 		 73 bp  111  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.133787 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0064  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24830  tRNA-Thr  92.21 
 
 		 77 bp  97.6  4e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0051  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0023  tRNA-Thr  94.83 
 
 		 73 bp  91.7  2e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1366  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0008  tRNA-Thr  97.92 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.443897  hitchhiker  0.0012739 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14039  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.672342  normal  0.0461777 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0071  tRNA-Thr  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25010  tRNA-Thr  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0053  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0051  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.536452  normal  0.0513822 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0049  tRNA-Thr  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0574229 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0012  tRNA-Thr  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.337917 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0064  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.333908 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0016  tRNA-Thr  89.19 
 
 		 74 bp  75.8  0.000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.121936  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0011  tRNA-Thr  97.56 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0050  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.573198  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0057  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 77 bp  65.9  0.000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.133724  normal  0.356392 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0056  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0218675 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60150  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0052  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 71 bp  61.9  0.00000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0011  tRNA-Thr  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.186323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0031  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0180347  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0035  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.189489  normal  0.0273224 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0033  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0015  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0021  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.139674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0016  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192488  normal  0.776815 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0041  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.259143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35760  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.575984  normal  0.377782 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0036  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0045  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579908  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0063  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 71 bp  56  0.000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.701304 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0021  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t02  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0460294  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0013  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000261851  hitchhiker  0.00494296 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0035  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0451303  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0056  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000000109894  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0010  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.172147  normal  0.574925 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0054  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0054  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0049  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0058  tRNA-Ala  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000131227  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0036  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.212017  normal  0.456319 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0053  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.869905 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0055  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.653015  normal  0.0209073 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21220  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0009  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.365782  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0094  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168631  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0024  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.226382 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna096  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000631755  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna048  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000703931  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna094  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000050133  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0031  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000818386  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0005  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00198851  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr02  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588593  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0012  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0010  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0021  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.669964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0054  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0017  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.106055  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0052  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0003  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000427431  normal  0.385023 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2719  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000211587  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2867  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000032371  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2869  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000115507  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0005  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000149688  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00237  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03595  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03598  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03604  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03606  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4717  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.16021e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5033  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.631552  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5100  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000169748  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0011  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0109  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000358604  hitchhiker  0.0022661 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1179  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960939  hitchhiker  0.000000000000835142 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4424  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000165207  hitchhiker  0.0000465726 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4505  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000183891  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4473  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000034435  hitchhiker  0.00000000000000876352 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4470  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000074305  hitchhiker  0.000595919 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4351  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000576988  normal  0.728479 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4383  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000102716  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4548  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000034857  hitchhiker  0.00000000000110779 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna100  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000040947  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5441  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000104819  hitchhiker  0.00042936 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna103  tRNA-Thr  85.25 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000044405  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0036  tRNA-Thr  85.51 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>