55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_R0052 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008578  Acel_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  145  2e-33  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0054  tRNA-Thr  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.788475 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0052  tRNA-Thr  100 
 
 
73 bp  145  2e-33  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0015  tRNA-Thr  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0066  tRNA-Thr  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0641093  normal  0.577615 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0054  tRNA-Thr  97.26 
 
 
73 bp  129  9.000000000000001e-29  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0053  tRNA-Thr  97.26 
 
 
73 bp  129  9.000000000000001e-29  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.94917  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0009  tRNA-Thr  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.246442  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0069  tRNA-Thr  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0017  tRNA-Thr  97.26 
 
 
73 bp  129  9.000000000000001e-29  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_03510  tRNA-Thr  97.26 
 
 
73 bp  129  9.000000000000001e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.495838  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_R0009  tRNA-Thr  97.26 
 
 
73 bp  129  9.000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.170305  normal  0.239694 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0073  tRNA-Thr  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.714988  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0048  tRNA-Thr  97.26 
 
 
73 bp  129  9.000000000000001e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.528546 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0052  tRNA-Thr  97.26 
 
 
76 bp  129  9.000000000000001e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0013  tRNA-Thr  97.26 
 
 
73 bp  129  9.000000000000001e-29  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0510336  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0006  tRNA-Thr  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14006  tRNA-Thr  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0190792 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0010  tRNA-Thr  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.376153 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0006  tRNA-Thr  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0007  tRNA-Thr  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0007  tRNA-Thr  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140228  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0014  tRNA-Thr  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.099209  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21220  tRNA-Thr  94.52 
 
 
73 bp  113  6e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0009  tRNA-Thr  95.45 
 
 
73 bp  107  3e-22  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.365782  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0054  tRNA-Thr  93.15 
 
 
73 bp  105  1e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0050  tRNA-Thr  98.18 
 
 
76 bp  101  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.92486  normal  0.023153 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0015  tRNA-Thr  96.36 
 
 
73 bp  93.7  5e-18  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.664348  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21430  tRNA-Thr  96.36 
 
 
73 bp  93.7  5e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.000055633  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0045  tRNA-Thr  96.36 
 
 
73 bp  93.7  5e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0008  tRNA-Thr  89.66 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.443897  hitchhiker  0.0012739 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0011  tRNA-Thr  88.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0011  tRNA-Thr  89.09 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1366  tRNA-Thr  89.09 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0052  tRNA-Thr  87.27 
 
 
76 bp  54  0.000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  decreased coverage  0.000000000609044  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0052  tRNA-Thr  87.27 
 
 
76 bp  54  0.000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  decreased coverage  0.00000000201025  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0044  tRNA-Thr  87.27 
 
 
73 bp  54  0.000004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.0369335 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna6  tRNA-Thr  87.27 
 
 
76 bp  54  0.000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.349793  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0013  tRNA-Thr  86.44 
 
 
76 bp  54  0.000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.137492  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2373  tRNA-Thr  87.04 
 
 
73 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0042  tRNA-Thr  94.12 
 
 
73 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0209686  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2731  tRNA-Thr  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.264397  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32560  tRNA-Thr  85.96 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2417  tRNA-Thr  93.94 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.000000618371  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.176514  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60150  tRNA-Thr  85.45 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 
73 bp  44.1  0.004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.186323  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0061  tRNA-Thr  91.18 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00680264  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0051  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0020  tRNA-Thr  91.18 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000441917  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0076  tRNA-Thr  91.18 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.000000000693473  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09670  tRNA-His  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.253938  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0064  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.333908 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0031  tRNA-Thr  91.18 
 
 
76 bp  44.1  0.004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.401044  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>