87 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpau_R0050 on replicon NC_014158
Organism: Tsukamurella paurometabola DSM 20162



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014158  Tpau_R0050  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.573198  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0056  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0218675 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0011  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 76 bp  109  9.000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.186323  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14039  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.672342  normal  0.0461777 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25010  tRNA-Thr  92 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0071  tRNA-Thr  92 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0049  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0574229 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0008  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.443897  hitchhiker  0.0012739 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0051  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.536452  normal  0.0513822 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0053  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0064  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.333908 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0011  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0064  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0011  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0012  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.337917 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0013  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.137492  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0085  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.611313 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35760  tRNA-Thr  90.54 
 
 		 74 bp  83.8  0.000000000000005  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.575984  normal  0.377782 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0015  tRNA-Thr  97.73 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0014  tRNA-Thr  97.73 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.133787 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0051  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0011  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0011  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 73 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32560  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60150  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0158  tRNA-Thr  88.71 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0003  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10591  normal  0.264536 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0016  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.121936  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0036  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0062  tRNA-Thr  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.768069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0054  tRNA-Thr  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0024  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.226382 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0033  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0017  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.106055  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0015  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0016  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192488  normal  0.776815 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0021  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.139674  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0061  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19780  tRNA-Ala  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0027  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0028  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00544508  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0056  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.74619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0082  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000900182  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1552  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0023  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1366  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0041  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.259143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0014  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.099209  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0007  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0045  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579908  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0053  tRNA-Thr  85.14 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.869905 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0054  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0055  tRNA-Thr  85.14 
 
 		 74 bp  52  0.00002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.653015  normal  0.0209073 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0011  tRNA-Thr  93.94 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.330038 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0019  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0002  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.397812 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0024  tRNA-Thr  91.89 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000548413  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0063  tRNA-Thr  87.76 
 
 		 71 bp  50.1  0.00007  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.701304 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24830  tRNA-Thr  84.42 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1198  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011879  Achl_R0093  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0042  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00571323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0032  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.900036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0047  tRNA-Ala  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.739018  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0017  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000000115919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0442  tRNA-Thr  86.44 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0061  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.472311  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0047  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_R0008  tRNA-Thr  100 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.0978186  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0024  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2866  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000326187  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2868  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000077985  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2872  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000229793  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14006  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0190792 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0032  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.632823 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0007  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.140228  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0013  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 75 bp  44.1  0.005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.00000441273  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0006  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0001  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  44.1  0.005  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0001  tRNA-Ile  88 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.522467  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0006  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0010  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.376153 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>