146 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mflv_R0012 on replicon NC_009338
Organism: Mycobacterium gilvum PYR-GCK



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009338  Mflv_R0012  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.337917 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0011  tRNA-Thr  94.52 
 
 		 73 bp  113  6e-24  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0008  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.443897  hitchhiker  0.0012739 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0013  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.137492  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_R0011  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0050  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.573198  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  94.55 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  94.55 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0011  tRNA-Thr  91.94 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_32560  tRNA-Thr  95.92 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0064  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0056  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0218675 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14039  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.672342  normal  0.0461777 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_25010  tRNA-Thr  88 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0033  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0015  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0036  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0021  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.139674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0016  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192488  normal  0.776815 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0051  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0053  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0051  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.536452  normal  0.0513822 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0049  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.0574229 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0035  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0451303  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60150  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  69.9  0.00000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0021  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t02  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0460294  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0056  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000000109894  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0041  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.259143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0010  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.172147  normal  0.574925 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0054  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0054  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0049  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0045  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579908  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0058  tRNA-Ala  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000131227  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1366  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0056  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.74619  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0012  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.734226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0010  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_AR0061  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.472311  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_R0032  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.900036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_R0042  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00571323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0015  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35760  tRNA-Thr  86.49 
 
 		 74 bp  60  0.00000008  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.575984  normal  0.377782 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0003  tRNA-Ala  87.93 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.10591  normal  0.264536 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0014  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.133787 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_24830  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0023  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0085  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.611313 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_R0015  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.664348  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_21430  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  hitchhiker  0.000055633  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0051  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2181  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2185  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2216  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2262  tRNA-Lys  94.44 
 
 		 78 bp  56  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.11111  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0028  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903037  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0045  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t16  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0035  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.189489  normal  0.0273224 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0026  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0323919 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0013  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0011  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.186323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0031  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0072  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0031  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0180347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0024  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0071  tRNA-Thr  85.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0047  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.875026  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0019  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.23026 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0051  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0870511  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19780  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0032  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.201714 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_32630  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.319038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0038  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.559626  normal  0.321441 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0011  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.00874285  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0017  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23850  tRNA-Ala  96.55 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0024  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 75 bp  50.1  0.00007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0050  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.92486  normal  0.023153 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0063  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 71 bp  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.701304 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0044  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0369335 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0022  tRNA-Lys  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.134574 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000645959  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0025  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000414519  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0045  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0048  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00108032  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0019  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000000126539  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0158  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0060  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0073  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0060  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.398642  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0073  tRNA-Lys  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0046  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>