299 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_R0017 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007298  Daro_R0024  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.226382 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.106055  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0061  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt27  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.938992 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0031  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0180347  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0035  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.189489  normal  0.0273224 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt07  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0036  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.212017  normal  0.456319 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0010    86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0001  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0002  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4555  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0002  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0780  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0045  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579908  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0041  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.259143  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0064  tRNA-Thr  88.52 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0016  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150249 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0066  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0010  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87354  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0037  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0071  tRNA-Thr  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0013  tRNA-Thr  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.137492  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1552  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0027  tRNA-Thr  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0028  tRNA-Thr  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00544508  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1198  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_R0014  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.133787 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_R0015  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0024  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000548413  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0024  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0050  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.573198  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0036  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0033  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0013  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000261851  hitchhiker  0.00494296 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0015  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0021  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.139674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0016  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192488  normal  0.776815 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0002  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.397812 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0019  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0011  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264873  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0023  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0064  tRNA-Thr  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.333908 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0011  tRNA-Thr  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0053  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.732279  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3032  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0033  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.531493  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1602  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.57437  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0014  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60150  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2621  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0778487  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0058  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0992  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2927  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2989  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.920581  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0155  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0062  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269971  normal  0.0642327 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0001  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0031  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.455628  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0373  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0664005  normal  0.64583 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0365  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000585486 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0355  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.170525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0364  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0071  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt14  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt14  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0043  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5010  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0764827  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0298  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00048351 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0008  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0289  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.514684  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0004  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0011  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0710124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0358  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0014  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0215661  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0035  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0451303  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R07  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0055  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4645  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0040  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0920487  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0031  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0547169  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0009  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.317875 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0026  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.477919  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0040  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0084  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.806179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0202  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>