186 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_R0008 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_R0008  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0004  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0009  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.317875 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0003  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000194068  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0003  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0088  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241374 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0003  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.203261 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0037  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928979  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0048  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929187 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0053  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0033  tRNA-Thr  96.55 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0011  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0043  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0012  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458677 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0009  tRNA-Thr  93.06 
 
 		 75 bp  95.6  1e-18  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0475152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31670  tRNA-Thr  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0035  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0890141  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0047  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.424478 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0050  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.272149 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0048  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.155621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna54  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0062  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0001  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0013  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000261851  hitchhiker  0.00494296 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0048  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000131085  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0014  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0017  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.0090775  normal  0.0337983 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0029  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0042  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 74 bp  58  0.0000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.607965  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0436  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000026283  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1716  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000136572  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150249 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1469  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000598832  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt07  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0010    100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0010  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87354  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0037  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0780  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0066  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0024  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.226382 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0061  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0024  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0700552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0012  tRNA-Thr  90 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0091  tRNA-Thr  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0084  tRNA-Thr  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000225446  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.106055  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2874  tRNA-Thr  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.51003e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0053  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14009  tRNA-Thr  90 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0008  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00250215  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0010  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0021  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.669964  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t025  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0007  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0011  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0049  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000822334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0011  tRNA-Arg  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0004  tRNA-Ala  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000388071  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0086  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000221106  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0017  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0061  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000697471  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0005  tRNA-Val  96.43 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.642292 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0080  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0022  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000459218  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0086  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000450897  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0010  tRNA-Ala  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00600624  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0108  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000399155  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0013  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.137492  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t096  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.0000000000747728  normal  0.0921402 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0107  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000354885  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0143  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000714151  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0010  tRNA-Ala  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000320815  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0102  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000831784  decreased coverage  0.000000220654 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0028  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000331563  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0004  tRNA-Ala  85 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000194526  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0027  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000223271  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0047  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000053333  hitchhiker  0.0000810038 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0039  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000000965131  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0003  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00134196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0005  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.00000781338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4555  tRNA-Thr  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0027  tRNA-Thr  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0028  tRNA-Thr  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00544508  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0002  tRNA-Thr  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0011  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>