283 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Hneap_R0003 on replicon NC_013422
Organism: Halothiobacillus neapolitanus c2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013422  Hneap_R0003  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000194068  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0004  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0009  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.317875 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0037  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928979  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0088  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241374 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0003  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0008  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0003  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.203261 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0043  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0048  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929187 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0053  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0035  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0890141  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0047  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.424478 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0050  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.272149 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0048  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.155621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna54  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31670  tRNA-Thr  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0009  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 75 bp  87.7  3e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0475152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0001  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0011  tRNA-Thr  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0033  tRNA-Thr  91.38 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0062  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  91.07 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0012  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458677 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0014  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0017  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.0090775  normal  0.0337983 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0061  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000697471  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0022  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000272434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  95.35 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0084  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000225446  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0091  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2874  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.51003e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0078  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857457  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0084  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0028  tRNA-Arg  89.47 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221183 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0010  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0021  tRNA-Thr  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.669964  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0478027  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.607965  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1469  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000598832  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0436  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000026283  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1716  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000136572  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0059  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0016  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00000293232  hitchhiker  0.00358578 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt07  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0891  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0066  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0024  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.226382 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0010    100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0019  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000545792 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0021  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0160361  normal  0.0210498 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0013  tRNA-Thr  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000261851  hitchhiker  0.00494296 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0061  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0010  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87354  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0037  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150249 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1676  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000911888  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0014  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000764457 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0053  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2194  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000558715  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0780  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0586  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.177308  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0008  tRNA-Ala  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00250215  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0012  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.200559 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2230  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  unclonable  0.000000875758  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.106055  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt02  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00232285  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5100  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000169748  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03595  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00237  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0029  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132706  normal  0.393089 
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr02  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 79 bp  50.1  0.00007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588593  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0012  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000230734  normal  0.0248915 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0050  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000789364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0052  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000085939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0012  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000866174  hitchhiker  0.00954127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0051  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.480692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0053  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0009  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521026  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>