129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_R0011 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0033  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0012  tRNA-Thr  95.16 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458677 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0008  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0035  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0890141  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0053  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0088  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241374 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31670  tRNA-Thr  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0003  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0004  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0009  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.317875 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0003  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.203261 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0003  tRNA-Thr  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000194068  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0037  tRNA-Thr  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928979  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0048  tRNA-Thr  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929187 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0048  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000131085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0009  tRNA-Thr  94 
 
 		 75 bp  67.9  0.0000000003  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0475152  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0050  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.272149 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0047  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.424478 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0048  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.155621  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0043  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna54  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_R0067  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 77 bp  61.9  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0029  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0024  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0700552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0084  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000225446  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2874  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.51003e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0091  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0022  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000272434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0006  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0004  tRNA-Ala  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000388071  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0010  tRNA-Ala  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000320815  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0004  tRNA-Ala  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000194526  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0010  tRNA-Ala  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00600624  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0001  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0017  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.0090775  normal  0.0337983 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0046  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195569  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0004  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.979842 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0070  tRNA-Arg  94.44 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000571368  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0012  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_R0012  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14009  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  82.89 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0042  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.607965  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0013  tRNA-Thr  93.55 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.162323  normal  0.0743617 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0007  tRNA-Thr  87.23 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0436  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000026283  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0452  tRNA-Asn  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.133298 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1563  tRNA-Asn  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1796  tRNA-Asn  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  6.3013000000000006e-24 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1802  tRNA-Asn  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000154266 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0062  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 75 bp  46.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1716  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000136572  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0024  tRNA-Ala  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00249338  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0048  tRNA-Ala  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00554369  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0079  tRNA-Ala  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.231908  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1469  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000598832  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 74 bp  46.1  0.001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_R0004  tRNA-Ala  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000171326  hitchhiker  0.00000000652292 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  90.7 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3670  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.1733  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0024  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.387948 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  92.11 
 
 		 77 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0056  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.220185  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0044  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 72 bp  44.1  0.005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00954192  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  85.19 
 
 		 79 bp  44.1  0.005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0015  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3261  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1810  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3645  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3702  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna58  tRNA-Ala  85.19 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000146437  n/a   
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_R11  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.005  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>