48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_R0017 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009664  Krad_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.0090775  normal  0.0337983 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0004  tRNA-Thr  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0009  tRNA-Thr  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.317875 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0012  tRNA-Thr  91.53 
 
 
74 bp  69.9  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0003  tRNA-Thr  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000194068  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0037  tRNA-Thr  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928979  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0048  tRNA-Thr  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.929187 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0042  tRNA-Thr  89.83 
 
 
74 bp  61.9  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0008  tRNA-Thr  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0088  tRNA-Thr  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.241374 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0047  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.424478 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0003  tRNA-Thr  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.203261 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0003  tRNA-Thr  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  87.93 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0048  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.155621  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0050  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  60  0.00000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.272149 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0012  tRNA-Thr  91.11 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00458677 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna54  tRNA-Thr  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1175  tRNA-Thr  87.72 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.21039  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0043  tRNA-Thr  92.68 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0033  tRNA-Thr  87.72 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0053  tRNA-Thr  91.11 
 
 
76 bp  58  0.0000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0035  tRNA-Thr  90.91 
 
 
76 bp  56  0.000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0890141  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  90.7 
 
 
73 bp  54  0.000005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0014  tRNA-Arg  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000764457 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0032  tRNA-Arg  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.151331  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0586  tRNA-Arg  90.7 
 
 
76 bp  54  0.000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.177308  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0051  tRNA-Arg  89.13 
 
 
76 bp  52  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.153246  normal  0.156031 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0061  tRNA-Thr  91.3 
 
 
75 bp  52  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000697471  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  86.21 
 
 
76 bp  52  0.00002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31670  tRNA-Thr  92.11 
 
 
76 bp  52  0.00002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0013  tRNA-Arg  87.76 
 
 
73 bp  50.1  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.195236 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1354  tRNA-Thr  88.68 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.052599 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0011  tRNA-Arg  86.79 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0011  tRNA-Thr  90.24 
 
 
76 bp  50.1  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0058  tRNA-Thr  84.42 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.340534  normal  0.330008 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0056  tRNA-Thr  84.42 
 
 
77 bp  50.1  0.00007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.752628 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  96.43 
 
 
77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0049  tRNA-Arg  88.37 
 
 
73 bp  46.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0006  tRNA-Thr  90.7 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.168855  normal  0.285381 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0044  tRNA-Thr  90.7 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00954192  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0062  tRNA-Thr  90.7 
 
 
72 bp  46.1  0.001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.825688 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1156  tRNA-Arg  96.15 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.433457  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0022  tRNA-Thr  93.33 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000272434  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  93.33 
 
 
77 bp  44.1  0.005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_R0059  tRNA-Thr  86.96 
 
 
75 bp  44.1  0.005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_R0013  tRNA-Arg  86.96 
 
 
73 bp  44.1  0.005  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0037  tRNA-Arg  86.96 
 
 
76 bp  44.1  0.005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.462586  normal  0.149567 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>