291 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0035 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_R0035  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0890141  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0088  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241374 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0037  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928979  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0004  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0009  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.317875 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0003  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000194068  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0053  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0011  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0048  tRNA-Thr  98.08 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929187 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0003  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.203261 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0003  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0048  tRNA-Thr  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.155621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0047  tRNA-Thr  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.424478 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0050  tRNA-Thr  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.272149 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0033  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0008  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna54  tRNA-Thr  97.83 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0043  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  87.67 
 
 		 73 bp  73.8  0.000000000005  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0478027  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0084  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000225446  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0091  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2874  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.51003e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31670  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0012  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458677 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  87.93 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  95.12 
 
 		 77 bp  58  0.0000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0072  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000742395  normal  0.95428 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0024  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0005  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000149688  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0061  tRNA-Thr  95 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000697471  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0009  tRNA-Thr  88.33 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0475152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0005  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00198851  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0017  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.0090775  normal  0.0337983 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0022  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000272434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0019  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0021023  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5678  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000591942  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.607965  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0264788  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0166054  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0015534  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000512626  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1469  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000598832  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00616299  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-6  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000599237  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0013  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000751402  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0044  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550992  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0007  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0108  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00964752  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0029  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132706  normal  0.393089 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0031  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.278033 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000472522  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000298609  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0435847  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0081  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000716294  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0138  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000302631  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0124  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00762261  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0046  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195569  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0013  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406405  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0046  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000451939  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0086  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0209186  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0053  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0452  tRNA-Asn  84.29 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.133298 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1563  tRNA-Asn  84.29 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1796  tRNA-Asn  84.29 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  6.3013000000000006e-24 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1802  tRNA-Asn  84.29 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000000154266 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0094  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00138001  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0027  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00584174  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0176  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0417  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00804447  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0049  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0051  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00673114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0033  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000977619  normal  0.440974 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0010  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>