More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_R0088 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0022  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00933326  normal  0.943049 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1446  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00029205  normal  0.742429 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0042  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000882152  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0013  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000751402  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 78 bp  143  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0094  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00138001  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t005  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t080  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t082  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0152  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000140276  hitchhiker  0.00000000136531 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0044  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550992  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2799  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 78 bp  143  7e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000124978  normal  0.096994 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0005  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000832804  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0086  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0209186  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0046  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000000451939  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4244  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127626  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0013  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406405  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0019  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.979216 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0110  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000430973  normal  0.778481 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0031  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000122273  normal  0.278033 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0029  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132706  normal  0.393089 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0069  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.489026  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0012  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000230734  normal  0.0248915 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0050  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000789364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0052  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000085939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0012  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000866174  hitchhiker  0.00954127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0051  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.480692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0053  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0009  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521026  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0156  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748575  hitchhiker  0.000108427 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0112  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000415626  normal  0.792835 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0012  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000000013609  normal  0.0833663 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0049  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00847785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0051  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00673114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0010  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000391547  hitchhiker  0.000580002 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0033  tRNA-Thr  98.68 
 
 		 76 bp  143  7e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000977619  normal  0.440974 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t007  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 76 bp  141  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000000938468  normal  0.123199 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t027  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 76 bp  141  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00943249  normal  0.0402241 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t029  tRNA-Thr  98.67 
 
 		 76 bp  141  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00426722  normal  0.039681 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68150  tRNA-Thr  93.15 
 
 		 73 bp  105  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000338016  decreased coverage  0.00289129 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0006  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.0000177613  normal  0.229309 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0092  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000386697  hitchhiker  0.0000000672962 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0011  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000345873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R8  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000023394  normal  0.688785 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0023  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.177577  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0056  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.102951  normal  0.0568899 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0058  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0554594 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0057  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.102505  normal  0.0559478 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0059  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.105531  normal  0.0549747 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t02  tRNA-Thr  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.246638  hitchhiker  0.000119939 
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  92.75 
 
 		 76 bp  97.6  4e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0078  tRNA-Thr  96.3 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857457  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0084  tRNA-Thr  96.3 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0072  tRNA-Thr  93.44 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000742395  normal  0.95428 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60630  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.831176  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_R0040  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000000238807  hitchhiker  0.0000185517 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0021  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.669964  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0010  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0005  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00198851  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3123t  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000529436  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3193t  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0908668  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0084  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000225446  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0091  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1108t  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.121415  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3120t  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000534878  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3208t  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11031  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0005  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000149688  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2874  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.51003e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna54  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  95.74 
 
 		 73 bp  77.8  0.0000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0478027  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  95.74 
 
 		 79 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00616299  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-6  tRNA-Thr  95.74 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000599237  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0003  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  77.8  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000427431  normal  0.385023 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>