170 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_31670 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_31670  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0012  tRNA-Thr  92.96 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458677 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0011  tRNA-Thr  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0008  tRNA-Thr  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0003  tRNA-Thr  90.28 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000194068  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0033  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0037  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928979  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0004  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0003  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0048  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929187 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0009  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.317875 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0003  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.203261 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0088  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241374 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0053  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0043  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0009  tRNA-Thr  88 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0475152  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0035  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0890141  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr01  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 79 bp  67.9  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.969246 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tThr02  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.965954 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0010  tRNA-Ala  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00600624  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0004  tRNA-Ala  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.000000388071  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0010  tRNA-Ala  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.0000320815  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0004  tRNA-Ala  87.88 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000000194526  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0012  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 74 bp  65.9  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0013  tRNA-Thr  85.33 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.137492  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0048  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.155621  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0048  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.000131085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0042  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 74 bp  61.9  0.00000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0062  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0050  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.272149 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0013  tRNA-Thr  87.32 
 
 		 75 bp  61.9  0.00000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0022  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000272434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0047  tRNA-Thr  93.02 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.424478 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0008  tRNA-Ala  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0425989  normal  0.0119872 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0089  tRNA-Ala  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000139487  normal  0.187722 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0084  tRNA-Ala  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000245479  normal  0.337418 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna51  tRNA-Ala  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.000980823  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna58  tRNA-Ala  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.000146437  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0003  tRNA-Ala  86.36 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000778688  normal  0.0120453 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-1  tRNA-Val  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000143563  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-3  tRNA-Val  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0021  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 72 bp  58  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0029  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna54  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0009  tRNA-Val  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748453  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0062  tRNA-Val  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0076  tRNA-Val  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0009  tRNA-Val  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000461705  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0062  tRNA-Val  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0076  tRNA-Val  87.72 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t50  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.294768  normal  0.033693 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60210  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t45  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0584269  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA31  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.977486  normal  0.953507 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R55  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0045  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1354  tRNA-Thr  89.58 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.052599 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0043  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00315798 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41340  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.383585 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0041  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0106412  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0027  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0953414  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0039  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.247045  normal  0.262143 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0059  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000413322 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0023  tRNA-Arg  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.865399 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3506  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37110  tRNA-Phe  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0860664  normal  0.0427609 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0061  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 75 bp  56  0.000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000697471  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0043  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.478862  hitchhiker  0.000308471 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0063  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540821  normal  0.0441285 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0040  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.138426 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0050  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.581658  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0013  tRNA-Arg  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.473005 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0057  tRNA-Arg  89.09 
 
 		 77 bp  54  0.000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0011  tRNA-Thr  84 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0004  tRNA-Thr  85.07 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00188596  normal  1 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0730  tRNA-Thr  85.14 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0017  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.0090775  normal  0.0337983 
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Val-2  tRNA-Val  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0116  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000399679  normal  0.0138295 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0116  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.000000104257  normal  0.0490719 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21800  tRNA-Val  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000344548  normal  0.0953285 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24110  tRNA-Val  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.0000000487057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0113  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000284792  normal  0.567806 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0047  tRNA-Arg  88.68 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.0000000357369  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0015  tRNA-Thr  84.06 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1859  tRNA-Val  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.00131515  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2039  tRNA-Val  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0006  tRNA-Thr  84.06 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.624482 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0006  tRNA-Val  85.96 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  tRNA-Arg-2  tRNA-Arg  90 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  unclonable  0.00000133182  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0026  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.1113400000000002e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_R0024  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0700552  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0044  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 72 bp  48.1  0.0003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00954192  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0048  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 75 bp  48.1  0.0003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00108032  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>