263 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_R0043 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_R0043  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0003  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000194068  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0004  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0009  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.317875 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0037  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.928979  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0088  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.241374 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0001  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0008  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0003  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.210155  normal  0.203261 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0003  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0048  tRNA-Thr  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.929187 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0050  tRNA-Thr  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.272149 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0048  tRNA-Thr  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.155621  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0047  tRNA-Thr  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.424478 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna54  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0035  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0890141  normal  0.484774 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0061  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  71.9  0.00000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00000697471  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_R0053  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.317776 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0033  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31670  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0016  tRNA-Arg  95.45 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000516971  normal  0.0942255 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0011  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0009  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 75 bp  63.9  0.000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0475152  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0022  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000272434  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0017  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.0090775  normal  0.0337983 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0011  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000845493  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0012  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458677 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0007  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0030  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0078  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000000857457  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0084  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0010  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0021  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.669964  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.607965  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0436  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000026283  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1469  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000598832  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0012  tRNA-Lys  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.200559 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1716  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000136572  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt07  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0012  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000406806  normal  0.414735 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0024  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.226382 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0010    100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150249 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0066  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0061  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0010  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87354  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0013  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.476807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0037  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0052  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000260506  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_R0012  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0053  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0780  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0013  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0017  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.106055  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t005  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt02  tRNA-Asn  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00232285  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4244  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000127626  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1676  tRNA-Thr  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.0000911888  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2799  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.00000000000124978  normal  0.096994 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1446  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00029205  normal  0.742429 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0013  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000000751402  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0044  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000000550992  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2194  tRNA-Thr  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.0000558715  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0069  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.489026  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0012  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000000230734  normal  0.0248915 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0050  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000789364  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0052  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000085939  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0012  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000866174  hitchhiker  0.00954127 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0051  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0041266  normal  0.480692 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0053  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000457267  normal  0.745937 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0009  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000000521026  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0113  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0423055  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0156  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000000748575  hitchhiker  0.000108427 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0022  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00933326  normal  0.943049 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4289  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 78 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.11347e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  93.94 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0094  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00138001  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0006  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000181943  normal  0.0306111 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0024  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000000151608  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0029  tRNA-Arg  90.24 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.403719 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0005  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.00000832804  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0086  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0209186  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0088  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0412207  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_R0127  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000000904299  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0019  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00333528  normal  0.979216 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>