More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smon_R0007 on replicon NC_013515
Organism: Streptobacillus moniliformis DSM 12112



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013515  Smon_R0030  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0007  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0014  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0007  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0032  tRNA-Thr  93.33 
 
 		 73 bp  65.9  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.386226  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0078  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.255536  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0001  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0061  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.502238  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0069  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000181822  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0064  tRNA-Thr  95 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119714  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0049  tRNA-Thr  94.87 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000146124  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00074  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00000415552  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0094  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168631  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1179  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000960939  hitchhiker  0.000000000000835142 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1108t  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.121415  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4505  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000183891  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4351  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000576988  normal  0.728479 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4470  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.000074305  hitchhiker  0.000595919 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_R0006  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.624482 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna048  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000703931  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0072  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000742395  normal  0.95428 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2874  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  3.51003e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3123t  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000529436  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0600  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 155 bp  58  0.0000003  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0091  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.0000624593  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0005  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000149688  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna100  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000040947  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna094  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000050133  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03598  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4383  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000000102716  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3208t  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.11031  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3193t  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0908668  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2719  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000211587  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0003  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000427431  normal  0.385023 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0109  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000358604  hitchhiker  0.0022661 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0005  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00198851  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna103  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000044405  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna096  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000000631755  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2437  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2439  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2442  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2941  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.161896  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2147  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2149  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2152  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2624  tRNA-Thr  91.11 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_tThr02  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 79 bp  58  0.0000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000588593  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4473  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000034435  hitchhiker  0.00000000000000876352 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2869  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000115507  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03595  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03606  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5033  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.631552  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2867  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000032371  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4717  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.16021e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03604  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00237  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4424  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000165207  hitchhiker  0.0000465726 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5100  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000169748  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3120t  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 73 bp  58  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000534878  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4548  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000034857  hitchhiker  0.00000000000110779 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0084  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000225446  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5441  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000104819  hitchhiker  0.00042936 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0025  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102759  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0050  tRNA-Thr  100 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0595881  unclonable  6.505860000000001e-24 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0043  tRNA-Thr  84.21 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0009  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000049137  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0064  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  89.36 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0011  tRNA-Thr  100 
 
 		 75 bp  54  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623818  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0052  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.040302  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0436  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000026283  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0059  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.105531  normal  0.0549747 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0058  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0554594 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0056  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.102951  normal  0.0568899 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0055  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1716  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000136572  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1469  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000598832  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>