More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_R0013 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0004  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.177658  hitchhiker  0.000057248 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0058  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.341614  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  105  1e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0069  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000181822  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  98.21 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0012  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000162811  hitchhiker  0.00834179 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0049  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0049  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000146124  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0058  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000775366  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0025  tRNA-Thr  91.43 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0064  tRNA-Thr  94.83 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0036  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.290713  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0086  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0065  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00709117  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0076  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0079  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0289577  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0059  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0038  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0017  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0014  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.150145  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0029  tRNA-Thr  93.1 
 
 		 73 bp  83.8  0.000000000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_R0032  tRNA-Thr  90.41 
 
 		 72 bp  81.8  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0622401 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5019  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00213455  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0096  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00156576  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000584403  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP_tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0213  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.0000000000777909  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5678  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000591942  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5702  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00210319  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5717  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0497374  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5731  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.0000000447208  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0128  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.601101  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5634  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.109335  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0045  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0010  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000231874  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0166054  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0015534  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00000512626  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0135529  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00616299  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Thr-6  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0000599237  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5740  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00013213  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228312  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.181325  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.000285821  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  tRNA-Thr-5  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00000616859  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  90.62 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0061  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0532  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.7224099999999997e-31 
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0600  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 155 bp  79.8  0.00000000000008  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4770  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000025693  hitchhiker  6.21743e-16 
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.000000472522  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000298609  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0435847  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0019  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0246771  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0227  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000274573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0009  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000000049137  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4563  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000215679  normal  0.0839515 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0607  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000101667  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0868  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000717541  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0142  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000202791  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0793  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 78 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.44632e-33 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5713  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.0000838851  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5804  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00774483  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0010  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000409146  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0045  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4988  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5002  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0078  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.255536  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0081  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000000716294  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0019  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0021023  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0124  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00762261  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0138  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.00000000302631  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0108  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00964752  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0061  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.269417  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5033  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000000556895  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5818  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000508092  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0112  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00195399  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_R0085  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000677619  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>