More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_R0007 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007912  Sde_R0007  tRNA-Thr  100 
 
 
76 bp  151  3e-35  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000227553  hitchhiker  0.00000895065 
 
 
-
 
NC_002977  MCA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  90.79 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.818019  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0011  tRNA-Thr  98.08 
 
 
76 bp  95.6  1e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00000399709  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0034  tRNA-Thr  94.83 
 
 
76 bp  91.7  2e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_R0057  tRNA-Thr  90.14 
 
 
76 bp  85.7  0.000000000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000331146  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03880  tRNA-Thr  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.0309562 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0014  tRNA-Thr  90 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.150145  normal  0.805813 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0061  tRNA-Thr  93.1 
 
 
76 bp  83.8  0.000000000000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.502238  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  88.89 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  94.23 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0078  tRNA-Thr  92.86 
 
 
76 bp  79.8  0.00000000000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.255536  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0064  tRNA-Thr  91.38 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000119714  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  90.32 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0068  tRNA-Thr  88.57 
 
 
76 bp  75.8  0.000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00328675 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1890  tRNA-Thr  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  93.88 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.607965  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0300  tRNA-Thr  91.23 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1469  tRNA-Thr  93.88 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  decreased coverage  0.0000000598832  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1716  tRNA-Thr  93.88 
 
 
76 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000136572  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0436  tRNA-Thr  93.88 
 
 
73 bp  73.8  0.000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000000026283  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0015  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.0000034077  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t61  tRNA-Thr  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.453537  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0023  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.234998  normal  0.014223 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0022  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000272603  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0010  tRNA-Thr  92.31 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0181986  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA77  tRNA-Thr  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0053  tRNA-Thr  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.128402  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0029  tRNA-Thr  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.787562 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0018  tRNA-Thr  91.07 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000023441  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  86.84 
 
 
76 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0027  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0057  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000681091  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_14030  tRNA-Lys  92.16 
 
 
73 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  6.36075e-34  hitchhiker  0.0017768 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1954  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0156048  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_R0049  tRNA-Thr  95.35 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000146124  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_R0034  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.603769 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_R0022  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.00514969  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_R0037  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.205438  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0029  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.395178  hitchhiker  0.000010783 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_R0034  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.285979  normal  0.935784 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0038  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.162193  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0882  tRNA-Lys  92.16 
 
 
76 bp  69.9  0.00000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000531124  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0010  tRNA-Thr  89.66 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000624159  hitchhiker  0.00328072 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0038  tRNA-Thr  87.14 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0013  tRNA-Thr  92 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  6.71951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0023  tRNA-Thr  89.66 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t08  tRNA-Thr  89.66 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  hitchhiker  0.0000135045  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0011  tRNA-Thr  94 
 
 
75 bp  67.9  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000000623818  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0015  tRNA-Thr  89.66 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000775633  decreased coverage  0.0000968931 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0014  tRNA-Thr  89.66 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  decreased coverage  0.0000000757854  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0023  tRNA-Thr  87.14 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0056  tRNA-Thr  89.66 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243934  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  89.66 
 
 
76 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0003  tRNA-Thr  89.66 
 
 
73 bp  67.9  0.0000000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.304948  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt03  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt03  tRNA-Thr  89.47 
 
 
76 bp  65.9  0.000000001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5899  tRNA-Thr  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0041  tRNA-Thr  91.07 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0077  tRNA-Thr  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.362174  hitchhiker  0.0000000000991776 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0013  tRNA-Thr  91.07 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0029  tRNA-Lys  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0030  tRNA-Thr  90.38 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_R0029  tRNA-Thr  89.29 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0014  tRNA-Thr  97.22 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0043  tRNA-Lys  92.31 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0503955 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0030  tRNA-Thr  90.38 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.582099  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4329  tRNA-Lys  92.31 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0012  tRNA-Thr  91.07 
 
 
77 bp  63.9  0.000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0016  tRNA-Lys  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.519622  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0046  tRNA-Lys  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000144311  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0020  tRNA-Thr  90.38 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.868603  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0042  tRNA-Lys  92.31 
 
 
75 bp  63.9  0.000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0025  tRNA-Thr  95 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000102759  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0578  tRNA-Thr  88.33 
 
 
78 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0013  tRNA-Thr  88.33 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000652832 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0019  tRNA-Thr  89.29 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.775653 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68150  tRNA-Thr  89.29 
 
 
73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000338016  decreased coverage  0.00289129 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0007  tRNA-Thr  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0167892  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_R0048  tRNA-Thr  90.38 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0727081  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0009  tRNA-Thr  85.53 
 
 
76 bp  63.9  0.000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000517155  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07721  tRNA-Thr  91.07 
 
 
74 bp  63.9  0.000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0059  tRNA-Thr  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.105531  normal  0.0549747 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4151  tRNA-Thr  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4784  tRNA-Thr  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00018344  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  90.2 
 
 
73 bp  61.9  0.00000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0101  tRNA-Thr  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000191032  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0011  tRNA-Thr  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000412436  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0058  tRNA-Thr  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.108577  normal  0.0554594 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0103  tRNA-Thr  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000466787  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0056  tRNA-Thr  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.102951  normal  0.0568899 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0031  tRNA-Lys  90.2 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0023  tRNA-Thr  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.177577  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0133  tRNA-Thr  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000500666  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0094  tRNA-Thr  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00138001  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0092  tRNA-Thr  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000157949  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0004  tRNA-Thr  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000250718  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0103  tRNA-Thr  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000642659  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0010  tRNA-Thr  97.14 
 
 
76 bp  61.9  0.00000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>