184 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sala_R0037 on replicon NC_008048
Organism: Sphingopyxis alaskensis RB2256



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008048  Sala_R0037  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4555  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0002  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0002  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0011  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264873  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0053  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0002  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.397812 
 
 
-
 
NC_004311  BRAt07  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0010    90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0010  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87354  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0780  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0066  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0019  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0001  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0053  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.914408  normal  0.310755 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1198  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0016  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150249 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0027  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0028  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00544508  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0046  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195569  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0024  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.226382 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0061  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0017  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.106055  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00010  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000107047  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00014  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000132366  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0061  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.9923400000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0065  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.7933e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3562  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.820141  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3567  tRNA-Met  91.07 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0388  tRNA-Met  92.31 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000012647  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0781  tRNA-Met  92.31 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000729773  normal  0.532094 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0793  tRNA-Met  92.31 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00146175  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0692  tRNA-Met  92.31 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000520696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0688  tRNA-Met  92.31 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0785  tRNA-Met  92.31 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000059431  normal  0.369596 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0759  tRNA-Met  92.31 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000782067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0828  tRNA-Met  92.31 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000835761  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0579  tRNA-Met  92.31 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000127758  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0738  tRNA-Met  92.31 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000396563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0734  tRNA-Met  92.31 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0763  tRNA-Met  92.31 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000016187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0078  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000244177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0798  tRNA-Met  92.31 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00121297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0074  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000108683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0031  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629379  hitchhiker  0.000794999 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0035  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000330461  hitchhiker  0.000751114 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0720  tRNA-Met  92.31 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000147537  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0832  tRNA-Met  92.31 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000791902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0724  tRNA-Met  92.31 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000898131  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1763  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000111546  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1771  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000741128  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4650  tRNA-Met  92.31 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000849948  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4654  tRNA-Met  92.31 
 
 		 79 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.94372e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5015  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000219916  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5019  tRNA-Met  92.31 
 
 		 77 bp  63.9  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000540299  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4318  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0045  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0302111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0008  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0042  tRNA-Thr  89.09 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.22955 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1767  tRNA-Met  92 
 
 		 77 bp  60  0.00000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143929  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2220  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2177  tRNA-Lys  88.68 
 
 		 78 bp  58  0.0000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0049  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00205425  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna143  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000903927  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna147  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000833162  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna135  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000774984  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna132  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01238  tRNA-Met  90.38 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01240  tRNA-Met  90.38 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01243  tRNA-Met  90.38 
 
 		 74 bp  56  0.000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3149t  tRNA-Met  92.31 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000767874  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0028  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0006  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0004  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0108141  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0001  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0015  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.131204  normal  0.298264 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0008  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0048  tRNA-Ala  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0971605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA52  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3154t  tRNA-Met  90.2 
 
 		 74 bp  54  0.000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000967763  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PGt27  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.938992 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0043  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0004  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0003  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.000194068  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0001  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0048  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000017739  normal  0.0157813 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0009  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.317875 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0044  tRNA-Met  90 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000282394  normal  0.033686 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>