257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_R0016 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_R0016  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150249 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0780  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt07  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0010    94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0010  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87354  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0066  tRNA-Thr  94.74 
 
 		 76 bp  119  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0019  tRNA-Thr  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0002  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.397812 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0011  tRNA-Thr  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264873  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0001  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  96.08 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0053  tRNA-Thr  91.8 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.914408  normal  0.310755 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4555  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0002  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0002  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR_t14  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 73 bp  75.8  0.000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4318  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0008  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0037  tRNA-Thr  95.65 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0931  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 78 bp  75.8  0.000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA52  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0042  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0045  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0302111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0042  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.22955 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0760  tRNA-Thr  92.59 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0001  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0053  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0006  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0033  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0001  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0015  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0015  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.131204  normal  0.298264 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0028  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0010  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0036  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0038  tRNA-Thr  90.91 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.40901  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0012  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.734226  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0004  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0108141  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0021  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.139674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0016  tRNA-Thr  92.16 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192488  normal  0.776815 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0026  tRNA-Thr  90.74 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0427282  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0024  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.226382 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0017  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.106055  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0061  tRNA-Thr  95.12 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1198  tRNA-Thr  91.84 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4564  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0045  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579908  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  97.14 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0041  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.259143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0051  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.124425  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0032  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.223692 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1858  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0014  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0015  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0016  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0485613 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0033  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0587853  normal  0.374695 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0027  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0028  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00544508  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0024  tRNA-Thr  94.44 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-1  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-2  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0264788  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Thr-4  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0008  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0046  tRNA-Thr  92.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.195569  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0560  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2171  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.100326  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0027  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00584174  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0176  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0417  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  hitchhiker  0.00804447  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0035  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0451303  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0035  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0016  tRNA-Lys  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0352775  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0034  tRNA-Thr  92.31 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_AR0058  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PGt27  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.938992 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0155  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA_tRNA-Thr-3  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.732279  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0043  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.168441 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3032  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0033  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.531493  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0001  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.710276 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2927  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1602  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.57437  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0004  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0023  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00163984  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0075  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.648131  normal  0.30015 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0042  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.600355 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2989  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.920581  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0001  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0078  tRNA-Thr  92.86 
 
 		 75 bp  52  0.00002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2621  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0778487  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0009  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.317875 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>