132 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_R0002 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_R0002  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.397812 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0019  tRNA-Thr  97.37 
 
 		 76 bp  135  1.9999999999999998e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt07  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0010    96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0010  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87354  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0780  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0066  tRNA-Thr  96.05 
 
 		 76 bp  127  4.0000000000000003e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0037  tRNA-Thr  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0016  tRNA-Thr  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150249 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1198  tRNA-Thr  97.92 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0002  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0002  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0011  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264873  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4555  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0053  tRNA-Thr  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.914408  normal  0.310755 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0001  tRNA-Thr  90.16 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0053  tRNA-Thr  86.84 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0001  tRNA-Thr  85.53 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0027  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0028  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00544508  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4318  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0045  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0302111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0008  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0042  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 76 bp  60  0.00000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.22955 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0024  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.226382 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0061  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0017  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.106055  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0006  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873088  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0007  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.651045  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0009  tRNA-Lys  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0048  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000440965  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0052  tRNA-Met  89.29 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000386072  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_R0045  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.579908  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_R0041  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.259143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  94.29 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_08630  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.000000480255  hitchhiker  0.000000163212 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_R0033  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_R0036  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_R0015  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0158  tRNA-Thr  90.48 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_R0021  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.139674  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_R0016  tRNA-Thr  94.12 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.192488  normal  0.776815 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA52  tRNA-Thr  87.04 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2177  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2220  tRNA-Lys  90.48 
 
 		 78 bp  52  0.00002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0050  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.573198  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0006  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0001  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0015  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.131204  normal  0.298264 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3149t  tRNA-Met  93.94 
 
 		 74 bp  50.1  0.00007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000767874  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0013  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.137492  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0028  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0004  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0108141  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00010  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000107047  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00014  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000132366  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0061  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.9923400000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0065  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.7933e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0759  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000782067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0070  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0785  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000059431  normal  0.369596 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0031  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629379  hitchhiker  0.000794999 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0035  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000330461  hitchhiker  0.000751114 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1763  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000111546  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1767  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143929  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1771  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000741128  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0071  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000012956  normal  0.0431401 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0073  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000819508  normal  0.0429545 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_R0035  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.189489  normal  0.0273224 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4650  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000849948  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4654  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.94372e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5015  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000219916  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5019  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000540299  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_R0064  tRNA-Thr  83.33 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0074  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000108683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0078  tRNA-Met  90.91 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000244177  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0688  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220772  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0692  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000520696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0763  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000016187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0388  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000012647  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0579  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000127758  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0781  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000729773  normal  0.532094 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_R0031  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0180347  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0724  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000898131  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0734  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0738  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000396563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0793  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00146175  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0798  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00121297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0828  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000835761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0832  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000791902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0720  tRNA-Met  90.91 
 
 		 79 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000147537  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3562  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.820141  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3567  tRNA-Met  87.27 
 
 		 77 bp  46.1  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>