182 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppro_R0028 on replicon NC_008609
Organism: Pelobacter propionicus DSM 2379



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008609  Ppro_R0027  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0028  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00544508  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0013  tRNA-Thr  90 
 
 		 76 bp  83.8  0.000000000000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.137492  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0011  tRNA-Thr  88.57 
 
 		 76 bp  75.8  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt07  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0010    93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_R0024  tRNA-Thr  91.23 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000548413  normal  0.0750081 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0780  tRNA-Thr  93.88 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0071  tRNA-Thr  88.41 
 
 		 76 bp  73.8  0.000000000005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0010  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87354  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0066  tRNA-Thr  93.75 
 
 		 76 bp  71.9  0.00000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2177  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2220  tRNA-Lys  92.31 
 
 		 78 bp  71.9  0.00000000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0037  tRNA-Thr  95.35 
 
 		 76 bp  69.9  0.00000000008  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0024  tRNA-Thr  89.83 
 
 		 75 bp  69.9  0.00000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_R0064  tRNA-Thr  87.14 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.333908 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0002  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.10498 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4555  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0002  tRNA-Thr  89.66 
 
 		 76 bp  67.9  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0001  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1198  tRNA-Thr  89.47 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_R0024  tRNA-Thr  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.226382 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0019  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0158  tRNA-Thr  89.29 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0018  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.250439 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0604  tRNA-Lys  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.398612  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_R0017  tRNA-Thr  86.11 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.106055  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0006  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 73 bp  63.9  0.000000005  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000132587  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0002  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.397812 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0053  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.914408  normal  0.310755 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_t0023  tRNA-Thr  87.1 
 
 		 73 bp  60  0.00000008  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0048  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.00108032  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_R0025  tRNA-Thr  89.8 
 
 		 75 bp  58  0.0000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000000414519  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0016  tRNA-Thr  92.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150249 
 
 
-
 
NC_002950  PGt27  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.938992 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0013  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000000261851  hitchhiker  0.00494296 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0061  tRNA-Thr  84.72 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_R0035  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0451303  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0049  tRNA-Met  90.38 
 
 		 77 bp  56  0.000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00205425  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0023  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00654799  normal  0.745074 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_R0050  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.573198  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0047  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4318  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0028  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0418849 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1552  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 73 bp  54  0.000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0045  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0302111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0008  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0042  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.22955 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0006  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873088  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0007  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.651045  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0009  tRNA-Lys  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_R0050  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.130847  hitchhiker  0.00000000426742 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00010  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000107047  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00014  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000132366  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0061  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.9923400000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0065  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.7933e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3562  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.820141  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3567  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0388  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000012647  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0734  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.0000572043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0688  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000220772  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0798  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00121297  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0793  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00146175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0048  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00000440965  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0052  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00000386072  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0759  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000782067  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0078  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000000244177  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0832  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000791902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0828  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000835761  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0738  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000396563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0074  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000108683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0724  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000898131  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0031  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000000629379  hitchhiker  0.000794999 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0035  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000330461  hitchhiker  0.000751114 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1763  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000111546  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1767  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000143929  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1771  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000741128  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0781  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.0000729773  normal  0.532094 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0720  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000147537  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0579  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000127758  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0763  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000000016187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0071  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000012956  normal  0.0431401 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0073  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000819508  normal  0.0429545 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_R0051  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0692  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000000520696  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0785  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.0000059431  normal  0.369596 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4650  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000849948  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4654  tRNA-Met  92.86 
 
 		 79 bp  52  0.00002  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  2.94372e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5015  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000219916  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5019  tRNA-Met  92.86 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000540299  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0011  tRNA-Thr  90.24 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.264873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0036  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.212017  normal  0.456319 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0025  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0011  tRNA-Thr  84.06 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.186323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0052  tRNA-Met  87.72 
 
 		 77 bp  50.1  0.00007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.526652  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_R0016  tRNA-Thr  91.67 
 
 		 74 bp  48.1  0.0003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.121936  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_R0056  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0218675 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0014  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000000293663  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0007  tRNA-Ala  86.54 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_R0039  tRNA-Thr  87.5 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000296877  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>