60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_R0006 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_R0006  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000132587  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0018  tRNA-Thr  97.26 
 
 		 73 bp  129  9.000000000000001e-29  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.250439 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t0023  tRNA-Thr  95.89 
 
 		 76 bp  121  1.9999999999999998e-26  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00654799  normal  0.745074 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t0442  tRNA-Thr  94.03 
 
 		 74 bp  93.7  5e-18  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0029  tRNA-Thr  87.88 
 
 		 73 bp  67.9  0.0000000003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt05  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.000163107  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0404  tRNA-Thr  86.3 
 
 		 76 bp  65.9  0.000000001  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.440416  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0028  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00544508  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0027  tRNA-Thr  90.38 
 
 		 76 bp  63.9  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_t1226  tRNA-Thr  86.36 
 
 		 73 bp  60  0.00000007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.186423  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mflt014  tRNA-Thr  84.93 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.0018476  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0604  tRNA-Lys  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.398612  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0001  tRNA-Thr  88.46 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0008  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0045  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0302111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0042  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.535307  normal  0.22955 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0015  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.131204  normal  0.298264 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0001  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0006  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.572136 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4318  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0004  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0108141  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0028  tRNA-Thr  87.27 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0158  tRNA-Thr  84.85 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0700  tRNA-Thr  83.56 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_R0001  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0013  tRNA-Thr  84.38 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2220  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2177  tRNA-Lys  86.54 
 
 		 78 bp  48.1  0.0003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1198  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0049  tRNA-Met  87.5 
 
 		 77 bp  48.1  0.0003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.00205425  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_R0047  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA52  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.927106 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0780  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt07  tRNA-Thr  88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0010    88.37 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lplt14  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_R0002  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_R0037  tRNA-Val  96.15 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.0260915  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt14  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4915  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4016  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0300292  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3847  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.779981  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3834  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0179595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3956  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0473584  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3912  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.303473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4705  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4158  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0010  tRNA-Thr  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.87354  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_t1858  tRNA-Thr  91.18 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3866  tRNA-Pro  100 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0002  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00062  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0066  tRNA-Thr  88.1 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5079  tRNA-Pro  100 
 
 		 77 bp  44.1  0.004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>