101 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lreu_R0013 on replicon NC_009513
Organism: Lactobacillus reuteri DSM 20016



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009513  Lreu_R0013  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  145  2e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0012  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.734226  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0044  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 73 bp  61.9  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0369335 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0010  tRNA-Thr  90.2 
 
 		 76 bp  61.9  0.00000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_R0013  tRNA-Thr  88.68 
 
 		 76 bp  58  0.0000003  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.137492  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58710  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 73 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0410722  normal  0.504047 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5158  tRNA-Thr  86.67 
 
 		 76 bp  56  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.65124  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_R0051  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_R0012  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.337917 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6003  tRNA-Thr  88.24 
 
 		 76 bp  54  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.126047  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1366  tRNA-Thr  90.7 
 
 		 73 bp  54  0.000004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_AR0041  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0049  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0031  tRNA-Lys  100 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0843462 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0024  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0050  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 76 bp  52  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03660  tRNA-Thr  88.89 
 
 		 77 bp  52  0.00002  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.018948  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0031  tRNA-Thr  86.21 
 
 		 73 bp  52  0.00002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.000818386  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_R0033  tRNA-Thr  85.96 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.531493  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0036  tRNA-Val  100 
 
 		 76 bp  50.1  0.00007  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0029  tRNA-Thr  84.06 
 
 		 73 bp  50.1  0.00007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00005  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0071  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Val-2  tRNA-Val  100 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RS01506  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0039  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000122131  normal  0.654023 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_R0021  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t02  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0460294  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0030  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_R0035  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.00221382  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_R0011  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0710124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_R0014  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0215661  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0031  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0799224  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_R0030  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0191215  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0056  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.000000109894  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0026  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.477919  normal  0.0674918 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0062  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.269971  normal  0.0642327 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_R0011  tRNA-Lys  85 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000344573  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_R0006  tRNA-Thr  84.38 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000132587  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_R0011  tRNA-Lys  85 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000213973  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4645  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5010  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0764827  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_R0055  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0084  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.806179  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0298  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00048351 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_R0031  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.455628  normal  0.1453 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_R0040  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0031  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0547169  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_R0040  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0920487  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0202  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0054  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  unclonable  0.00000000000000229051  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0054  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_R0049  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.576972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0058  tRNA-Ala  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000131227  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0364  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0365  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000585486 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0373  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0664005  normal  0.64583 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0358  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0355  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.170525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0289  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.514684  normal  0.728872 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0020  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0026  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0073  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_35030  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 73 bp  48.1  0.0003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.838574  normal  0.836072 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0072  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000258619  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_R0037  tRNA-Thr  85.71 
 
 		 76 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Lys-1  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.540859  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE_tRNA-Lys-2  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.590249  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1329  tRNA-Thr  85.45 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0434534  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1737  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000166556  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1740  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0000195232  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0025  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1159  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00817657  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1162  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0178248  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0053  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.986946  normal  0.702685 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0005  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.247084 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0017  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.395224  normal  0.856918 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0055  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0057  tRNA-Thr  86.27 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0509  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.226586  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0512  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.299148  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0515  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 73 bp  46.1  0.001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.317798  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0021  tRNA-Lys  96.3 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31670  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  46.1  0.001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.410035  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lppt14  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt14  tRNA-Thr  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_R0051  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0166095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0878  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0453469  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_R0055  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00352038  hitchhiker  0.00739911 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_R0002  tRNA-Lys  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20500  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 74 bp  44.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0314727  normal  0.242417 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1762  tRNA-Arg  86.96 
 
 		 79 bp  44.1  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.443699  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0034  tRNA-Thr  84.48 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_R0001  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0019  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000545792 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0891  tRNA-Thr  100 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0012  tRNA-Thr  96.15 
 
 		 76 bp  44.1  0.004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00458677 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0039  tRNA-Lys  84.48 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.163516  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_t07677  tRNA-Lys  96.15 
 
 		 73 bp  44.1  0.004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.204816  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>